Lorsqu'un projet a reçu les fonds nécessaires pour éliminer les stocks de pesticides périmés, le transport vers leur lieu de destruction peut commencer.

Les déchets pesticides sont extrêmement toxiques et dangereux, c'est pourquoi leur transport international est très sévèrement réglementé. Tous les produits doivent être emballés et transportés selon la législation nationale et selon les recommandations des Nations Unies concernant le transport de matières dangereuses.( IMO & UNECE)

La grande majorité des stocks de pesticides ne respectent pas les critères des Nations Unies concernant l'emballage et l'étiquetage adéquat pour le transport international des produits toxiques. Ils devront être re-étiquetés et/ou ré-emballés avant d'être approuvés pour une expédition internationale. Certains pays ont pris l'initiative de ré-emballer les conteneurs percés pour protéger la population et l'environnement, mais si les conteneurs utilisés dans les processus de conservation ne sont pas approuvés par les Nations Unies alors le stock entier devra être à nouveau transvasé dans des conteneurs approuvés pour expédition. C'est un gaspillage malheureux qui peut être évité si les opérations sont structurées comme il se doit dès le début en utilisant des personnes compétentes et des conteneurs plus coûteux mais de meilleure qualité qui seront souvent importés. Tout ceci requiert un entraînement et une supervision adéquats ainsi qu'un suivi médical constant du personnel concerné.

Cette étape dans le processus nécessite également une bonne compréhension des spécifications techniques et procédures bureaucratiques à suivre telles que décrites par les lois et conventions internationales. Les principaux mécanismes réglementant le transport de pesticides périmés sont:

• La Convention de Bale sur le contrôle des mouvements transfrontières de déchets dangereux et de leur élimination,
• Le Code maritime international des marchandises dangereuses (IMDG),
• L'Accord européen relatif au transport international des marchandises dangereuses par route ADR),
• Convention sur la sécurité et la santé dans l'agriculture,
• Convention concernant la sécurité dans l'utilisation des produits chimiques au travail.

Les pays africains sans littoral, où les déchets de pesticides doivent traverser des frontières internationales avant d'être expédiés, peuvent adhérer à la Convention de Bamako sur l'interdiction d'importer des déchets dangereux et le contrôle de leurs mouvements transfrontières en Afrique.