La repoblación marina representa una solución interesante para obtener más proteína animal del medio marino. Esta práctica implica el uso de piscifactorías para mantener o ampliar pesquerías existentes o bien para crear otras nuevas. Para los fines de este documento, los términos "repoblación marina", "fomento a través de piscifactorías" y "pesquerías basadas en la acuicultura" se utilizarán como sinónimos, pese a existir entre ellos sutiles diferencias de significado.

La repoblación marina para reponer poblaciones naturales ha sido criticado por tres motivos principales: la falta de pruebas de que esta forma de fomento resulte beneficiosa para la pesquería; los altos costos de mantenimiento de las piscifactorías; y el temor de que la interacción entre peces de criadero y poblaciones indígenas ocasione pérdidas de diversidad genética natural.

Además, la historia de la repoblación marina no ha sido particularmente brillante: un ejemplo de ello es la constante reducción de las poblaciones de bacalao del Atlántico, por más que tanto América del Norte como Noruega hayan liberado en este océano miles de millones de ejemplares de la especie. Entre los motivos de tal falta de éxito cabe señalar que la decadencia de la pesquería en cuestión no se abordó en forma adecuada, adoptándose para su fomento un enfoque bastante simplista que consistía en repoblar con millones de larvas esperando que todo fuera bien; además, en la mayor parte de los programas no hubo seguimiento, y como tampoco se había procedido a marcar los peces de criadero, posteriormente resultó difícil distinguirlos de los ejemplares indígenas.

Sin embargo, a pesar de los temores de pérdidas de diversidad genética y otros efectos perjudiciales de la interacción entre peces de criadero y salvajes, la finalidad de muchos programas de repoblación es que los peces salvajes se mezclen con los producidos en piscifactorías integrando así una nueva y más numerosa población mixta. Por consiguiente, una opción importante para determinados programas de repoblación y para ciertas especies acuáticas será la de intentar producir, en los criaderos, peces que sean compatibles con las poblaciones salvajes y con el ambiente.

Para lograr este fin, el programa de repoblación debe tener objetivos y metas claramente definidos. Una de sus finalidades principales debe ser la conservación de los recursos genéticos, tanto de las poblaciones salvajes como de las cultivadas. Dado que la mayor parte de estos recursos genéticos se halla en las poblaciones salvajes la pesca constituye la mayor fuente individual de proteínas animales, es necesario que se haga todo lo posible por proteger los recursos salvajes.

Este documento se propone resumir los principios y procedimientos generales que deben incorporarse a un programa de repoblación, con miras a conservar y utilizar los recursos genéticos (biodiversidad).

Entre los temas tratados figuran el conocimiento de los niveles naturales de diversidad genética y de la organización de ésta última, la finalidad de los programas de repoblación, la comprensión de las causas que han provocado la decadencia de la pesquería original, consideraciones particulares relacionadas con el establecimiento de una nueva especie, una evaluación de la tecnología y las prácticas zootécnicas empleadas en las piscifactorías, la valoración de las necesidades ecológicas de las especies empleadas en la repoblación, y el seguimiento de las poblaciones, tanto de criadero como salvajes.

La conclusión del documento es que el de la repoblación acuática es un tema complejo, que guarda relación con la tecnología, la biología, la ecología, las disciplinas socioeconómicas y la política. En una reciente reunión de expertos de todo el mundo se estableció un "enfoque responsable" para la repoblación por medio de piscifactorías, que comprende una evaluación multidisciplinaria, prácticas de seguimiento, y actividades pertinentes. Si bien es cierto que las consideraciones de índole genética no garantizarán por sí solas el éxito de un programa de repoblación, si no se aplican los principios de la ordenación de recursos genéticos será imposible que los esfuerzos de producción y conservación puedan obtener buenos resultados a largo plazo.