En fonction du calendrier de récolte des semences de Prosopis et des programmes de plantation qui suivront, il peut être avantageux d'avoir des moyens permettant de conserver des semences viables de haute qualité. Avant l'entreposage, naturellement, les semences devront être convenablement séchées. Au cours de l'entreposage la respiration des graines doit être réduite au niveau le plus bas possible, en abaissant la température de conservation.
La durée de l'entreposage peut être courte, c'est-à-dire jusqu'à un an, ou longue, selon les circonstances. Dans l'un ou l'autre cas, les semences peuvent être conservées à température ambiante ou à basse température.
Si l'on ne dispose pas de moyens de réfrigération, il pourra être nécessaire de conserver les semences de Prosopis à température ambiante normale, avec même des fluctuations journalières et saisonnières. Comme on l'a mentionné plus haut, les semences peuvent être emballées dans des cartons ou des sacs; toutefois il est préférable de les placer dans des récipients étanches si l'entreposage doit se faire à température ambiante, afin de maintenir une humidité constante, et si besoin est protéger les semences contre les insectes et autres parasites. Pour diminuer le taux d'humidité, et par conséquent prolonger la période de viabilité, on peut mettre dans les récipients avec les semences un produit déshydratant tel que chlorure de calcium, placé dans de petits sacs de toile.
Il faut prendre soin de maintenir les récipients à distance du sol et des murs, ce qui aidera à les préserver des insectes et autres parasites, et de l'humidité. Il faut également que l'air puisse circuler librement autour, ce qui gardera les semences plus sèches et plus au frais; une chaleur extrême peut détruire leur pouvoir germinatif.
Une méthode plus efficace de conservation des semences de Prosopis, même pour une courte période, consiste à les entreposer dans des récipients étanches à température basse et constante, aux alentours de 0°C. La teneur en humidité de semences conservées au froid ne doit pas dépasser 4 à 12 pour cent. Afin de contrôler en permanence cette humidité, il faut faire des mesures périodiques comme suit: prélever un petit échantillon de semences entreposées, et les peser; les sécher à l'étuve à 105°C pendant 16 heures, et les reposer; calculer leur teneur en humidité par la formule:
Pourcentage d'humidité =
L'installation d'entreposage à basse température est normalement constituée par une chambre isolée et ventilée, refroidie par un groupe de réfrigération. Il se peut que, pour des raisons financières ou autres, on ne dispose pas d'une telle installation, auquel cas il faudra chercher une autre solution; on peut souvent, par exemple, utiliser un grand réfrigérateur de ménage, au moins pour conserver de petites quantités de semences.
En l'absence de source d'énergie, on peut construire une chambre isotherme avec des plaques de liège aggloméré, ou avec des planches de bois entre lesquelles on met une épaisseur de paille. La température dans un tel magasin fluctuera moins qu'à l'extérieur, ce qui est en général favorable, car les graines conservent leur viabilité plus longtemps si les conditions de température ne varient pas dans de larges proportions. La construction en est relativement peu coûteuse; il convient de prévoir l'addition ultérieure d'un groupe de réfrigération au cas où une source d'énergie deviendrait disponible.
Quelle que soit la méthode adoptée, il faut prendre bien garde d'éviter toutes fluctuations de température et d'humidité, qui sont très préjudiciables à la bonne conservation des semences.
La plus grande partie de ce qui a été dit ci-dessus à propos de l'entreposage de courte durée s'applique également à un entreposage de plus longue durée. Mais plus cette durée est longue, et plus il importe de surveiller en permanence les conditions ambiantes dans le magasin de semences.
Des semences de Prosopis séchées à l'air et conservées à température de la pièce peuvent rester viables pendant plusieurs années. C'est ainsi que des graines de Prosopis juliflora, séchées à l'air et conservées à température ambiante dans un herbier du Sud-Ouest des Etats-Unis avaient gardé une viabilité satisfaisante (60 %) après 50 ans. Cependant, encore une fois, le meilleur moyen pour conserver les semences, notamment pour une durée de 3 à 10 ans, est dans un magasin réfrigéré.