El objeto de los programas de mejoramiento y selección es introducir mejoras en el potencial genético del ganado y posteriormente en las características fenotípicas de producción. Los problemas que se plantean en los programas de mejoramiento tradicionales son, en primer lugar, la evaluación exacta del genotipo en el cual se basa el fenotipo, y en segundo lagar el hecho de que, aunque siempre se evalúa todo el genoma de un animal, sólo pasa a su descendencia la mitad del genoma del animal seleccionado. Estos problemas son aplicables también alas técnicas modernas de zoomejoramiento, como la inseminación artificial, el trasplante de embriones, la maduración y la fecundación in vitro y la microcirugía embrionaria, puesto que los métodos utilizados en esas tecnologías se aplican también al genoma en forma haploide o diploide, tal como se obtiene par procesos naturales de segregación y apareamiento aleatorio. Una posibilidad de gran interés para los zoogenetistas es la de llevar a cabo la labor de mejoramiento directamente en un gen o grupo de genes específicos, excluyendo así otros muchos de interés escaso o nulo.
