Aunque los progreso en el mejor aprovechamiento de los recursos genéticos forestales dependen en gran medida de los esfuerzos propios de un país o instituciones nacionales de investigación, estos, solamente pueden ser efectivos dentro del marco de la colaboración nacional e internacional a través de la asistencia técnica y financiera que asegure la sostenibilidad del mismo por un largo período de tiempo, en la actualidad no existe cooperación internacional para desarrollar toda la estrategia de mejoramiento genético debido a la falta de voluntad política.
La cooperación internacional ha aportado una buena cantidad de fondos a algunas áreas protegidas, específicamente la Reserva de Biosfera BOSAWÁS, una de las más grandes e importantes del país (20 000 km²). La Secretaría Técnica de BOSAWAS está ejecutando dos proyectos importantes provenientes de la cooperación Alemana: El proyecto BOSAWAS/MARENA-GTZ (Deutsche Gesellschaft für Technische Zusammenarbeit), con el que se han ejecutado hasta la fecha alrededor de 10 millones de dólares en fortalecimiento institucional a las organizaciones nacionales e indígenas que coordinan el Área Protegida y El proyecto MARENA-BOSAWÁS-KFW, financiado por la cooperación Alemana, a través del organismo KFW, el cual invertirá alrededor de 2,5 millones de dólares en infraestructura de conservación y social. En el área existen también proyectos de otros donantes (ASDI [Agencia Sueca para el Desarrollo Internacional], DANIDA, DED [Deutscher Entwicklungdienst], UE, entre otros), ejecutados por una serie de organismos no gubernamentales en diferentes campos.
Igual sucede con la Reserva de Biosfera del Sureste de Nicaragua, un complejo de siete áreas protegidas, para algunas de las cuáles se han elaborado planes de manejo según las directrices formuladas por el MARENA. Estos planes fueron formulados por Organizaciones no Gubernamentales con fondos de la cooperación externa. Actualmente el programa COMAP (Comanejo de Areas Protegidas) es ejecutado por el MARENA con fondos de USAID (Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional). El objetivo de este programa es aumentar los recursos naturales bajo uso racional y manejo sostenible en Nicaragua, con el fin de proteger la biodiversidad en áreas protegidas definidas como prioritarias y lograr la participación de las comunidades locales en el manejo de las áreas protegidas.
Con la aprobación del Convenio Centroamericano de biodiversidad y la Alianza para el Desarrollo Sostenible, Nicaragua se comprometió a crear junto a los otros países de Mesoamérica, el corredor Biológico Mesoamericano, que consiste en la creación de corredores biológicos que conectarán las áreas protegidas desde México hasta Panamá. Este gran proyecto ha iniciado en Nicaragua, con el establecimiento del proyecto “Corredor Biológico del Atlántico” que es la contribución nicaragüense al Corredor Biológico Mesoamericano. Los objetivos actuales de dicho proyecto son: Valorar y proteger los elementos claves de la biodiversidad para el desarrollo regional, fortalecer las áreas protegidas de la Costa Atlántica de Nicaragua a través de la elaboración de planes de manejo, infraestructura y capacitación al personal de dichas áreas; promover las inversiones en áreas prioritarias de biodiversidad para implementar sistemas de producción sostenibles y desarrollar las capacidades locales en esta materia.
La Región Atlántica es la que alberga la mayor cantidad de diversidad biológica y habitats naturales del país. En ella se encuentra aproximadamente el 90% del área total representada por el Sistema Nacional de Areas Protegidas. Las reservas de Biosfera de Bosawas y del Sureste de Nicaragua forman los dos principales eslabones en la conformación del corredor biológico a nivel nacional.
