Les principes suivants ont été utilisés pour le développement des directives et recommandations:
Les maladies/agents pathogènes qui demandent à être pris en considération pour la surveillance et le zonage sont principalement: d'étiologie infectieuse; des maladies listées comme importantes pour les échanges internationaux (comme définies par le Code Aquatique de l'OIE); des maladies infectieuses importantes à l'échelle locale, nationale ou régionale; et des maladies infectieuses émergentes.