La structure opérationnelle du RADHORT s’appuie sur un Secrétaire Exécutif (SE) et un Président, élus à l’occasion des réunions de coordination bisannuelles. Le fonctionnement du RADHORT est relayé dans chaque pays au niveau d’une équipe nationale comprenant un coordonnateur national (CN) et quatre Animateurs Thématiques Nationaux (ATN).
Cette équipe est chargée d’animer une cellule nationale de l'horticulture (CNH). Chaque cellule réunit les principaux acteurs et partenaires de la filière horticole. Elle représente la plateforme de concertation pour la mise en œuvre d’un plan national d’action en appui au développement du secteur horticole.