Se discute la integración de la agroecología con enfoques de las ciencias sociales, como base para la investigación interdisciplinaria en el manejo de los recursos naturales y el desarrollo rural en el trópico latinoamericano o neotrópico. Como disciplina que integra conceptos ecológicos al manejo de ecosistemas antropogénicos, la agroecología es un buen punto de partida para promover procesos innovativos de desarrollo en los paisajes rurales. Sin embargo, la agroecología por sí sola no es suficiente para enfrentar la compleja dinámica social y ambiental presente en las áreas rurales. Por tanto, se proponen varios enfoques promisorios que pueden complementar las aplicaciones agroecológicas. Estos incluyen el enfoque orientado a los actores, el análisis de medios de vida,la ecología política,la investigación participativa,y el marco de derechos ambientales. Todos estos pueden considerarse como marcos pioneros para realizar investigación social y ecológica en países en desarrollo. Como ejemplo de este tipo de investigación interdisciplinaria,presentamos un estudio en proceso que analiza la dinámica social y ecológica del café bajo sombra en El Salvador. Para lograr un mejor entendimiento de las complejas realidades existentes en los paisajes rurales actuales,se requieren investigaciones que incluyan sus contextos sociales y biofísicos. El desarrollo de este tipo de estudios interdisciplinarios es un desafío que apenas se comienza a enfrentar. El análisis presentado en este documento tiene el objetivo de contribuir a estos esfuerzos, al identificar enfoques promisorios que pueden ser combinados para desarrollar investigaciones interdisciplinarias sobre el desarrollo y la conservación integrada de los territorios rurales.