La agroecología propone movilizar los conocimientos científicos y prácticos, tradicionales y locales de los productores para desarrollar conjuntamente nuevos sistemas de producción. Este artículo presenta los resultados de las investigaciones sobre control biológico realizadas desde 2003 en el norte de Uruguay. Las experiencias fueron realizadas por diferentes organizaciones de agricultores familiares y por BIO-Uruguay (Batoví Instituto Orgánico), una organización social fundada por agricultores familiares y pobladores rurales. Los resultados de las experiencias analizadas son de carácter técnico, metodológico y social, centrándose principalmente en la lucha biológica contra plagas y enfermedades de la producción agrícola y ganadera. Se presentan las diferentes etapas del proceso de co-innovación para obtener soluciones biológicas a partir del reconocimiento y uso de hongos patógenos nativos para el control de plagas de importancia económica. Los objetivos de este estudio fueron restablecer los equilibrios biológicos, contribuir a las transiciones agroecológicas de los sistemas productivos, y reforzar el aprendizaje colectivo, necesario entre los actores, para la co-innovación. Estos aprendizajes contribuyen al desarrollo de las capacidades individuales e institucionales necesarias para "construir la agroecología" en Uruguay.