L'agroécologie propose de mobiliser les connaissances scientifiques et pratiques, traditionnelles et locales des producteurs pour développer conjointement de nouveaux systèmes de production. Cet article présente les résultats de recherches sur la lutte biologique menées depuis 2003 dans le nord de l'Uruguay. Les expériences ont été menées par différentes organisations d'agriculteurs familiaux et par BIO-Uruguay (Batoví Instituto Orgánico), une organisation sociale fondée par des agriculteurs familiaux et des habitants des zones rurales. Les résultats des expériences analysées sont d'ordre technique, méthodologique et social et portent principalement sur la lutte biologique contre les parasites et les maladies de la production agricole et de l'élevage. Les différentes étapes du processus de co-innovation sont présentées pour obtenir des solutions biologiques à partir de la reconnaissance et de l'utilisation de champignons pathogènes indigènes pour lutter contre les ravageurs d'importance économique. Les objectifs de cette étude étaient de restaurer les équilibres biologiques, de contribuer aux transitions agroécologiques des systèmes productifs et de renforcer l'apprentissage collectif, nécessaire entre les acteurs, pour la co-innovation. Ces apprentissages contribuent au développement des capacités individuelles et institutionnelles nécessaires pour "construire l'agroécologie" en Uruguay.