Des systèmes agroécologiques diversifiés sont plus résilients: ils sont mieux à même de se remettre des perturbations éventuelles, y compris les événements climatiques extrêmes comme les sécheresses, les inondations ou les ouragans, et de résister aux attaques des organismes nuisibles et aux maladies. À la suite du passage de l’ouragan Mitch en Amérique centrale en 1998, les exploitations reposant sur la biodiversité, notamment l’agroforesterie, la culture en courbes de niveau et la culture de couverture, ont conservé entre 20 et 40 pour cent de couche arable de plus, ont connu une érosion moindre et ont subi des pertes économiques moins importantes que les fermes voisines pratiquant une monoculture classique.

En maintenant un équilibre fonctionnel, les systèmes agroécologiques sont en mesure de résister aux attaques d’organismes nuisibles et aux maladies. Les pratiques agroécologiques valorisent la complexité biologique des systèmes agricoles et favorisent la communion nécessaire entre les organismes en interaction pour que les infestations d’organismes nuisibles s’autorégulent. À l’échelle des paysages, une agriculture diversifiée est davantage susceptible de contribuer à la lutte contre les organismes nuisibles et les maladies.

De même, les approches agroécologiques peuvent améliorer la résilience socioéconomique. Grâce à la diversification et à l’intégration, les producteurs réduisent leur vulnérabilité, au cas où une culture, une espèce d’élevage ou un autre produit connaîtrait des difficultés.

En réduisant la dépendance à l’égard des intrants externes, l’agroécologie peut limiter la vulnérabilité des producteurs face aux risques économiques. Le renforcement de la résilience écologique va de pair avec celui de la résilience socioéconomique. En effet, les humains font partie intégrante des écosystèmes.