Повышение устойчивости людей, общин и экосистем к внешним воздействиям является ключевым фактором устойчивости агропродовольственных систем.

Диверсифицированные агроэкологические системы более устойчивы к внешним факторам: у них больше возможностей для восстановления после всякого рода потрясений, включая экстремальные погодные явления, такие как засухи, наводнения или ураганы, и для противостояния нашествиям вредителей и вспышкам болезней. После урагана "Митч" в Центральной Америке в 1998 году в диверсифицированных хозяйствах, включая агролесоводческие, практикующие контурное земледелие и выращивание покровных культур, удалось сохранить на 20-40 процентов больше верхнего слоя почвы, они меньше пострадали от эрозии и понесли меньшие экономические потери, чем соседние фермы, где выращивали традиционные монокультуры.

За счет поддержания функционального баланса агроэкологические системы способны лучше противостоять болезням и нашествиям вредителей. Агроэкологические методы помогают восстановить биологическую сложность сельскохозяйственных систем и способствуют образованию необходимого сообщества взаимодействующих организмов для самостоятельного подавления вспышек вредителей. Диверсифицированные сельскохозяйственные ландшафты также обладают большим потенциалом для борьбы с вредителями и болезнями.

Агроэкологические подходы могут также способствовать повышению социально-экономической устойчивости. За счет диверсификации и интеграции производители снижают свою уязвимость на случай неудачи с какой-то одной культурой, одним видом скота или другим товаром. Снижая зависимость от внешних факторов производства, агроэкология может уменьшить уязвимость производителей к экономическим рискам. Экологическая и социально-экономическая устойчивость неразрывно связаны между собой: ведь люди являются неотъемлемым элементом экосистем.