多样化生态农业系统抵御力更强。这种系统更易从干旱、洪水或飓风等极端天气和其他干扰中恢复，对病虫害的抵御力也更强。在1998年飓风“米奇”袭击中美洲之后，具有生物多样性的农场，例如农林混作、等高耕作和地被间作等，比周边采用传统单作型农场多保留了20-40%的表层土，侵蚀现象较轻，经济损失也较少。

通过维持一定的功能平衡，生态农业系统能更好地抵御病虫害的侵袭。生态农业方法有助于恢复农业系统的生物复杂度，并促进互动生物之间形成必要的集群以自我调节有害生物爆发。在景观层面，多样化农业景观更有潜力实现病虫害防控的功能。

生态农业方法同样能提高社会经济的抵御能力。生产者通过多样化和一体化措施降低其在某一种作物、家畜品种或其他商品歉收时的脆弱性。通过减少对外部投入的依赖，生态农业能降低生产者对经济风险的脆弱性。提高生态系统和社会经济两方面的抵御能力要同时进行。毕竟，人类是生态系统的有机组成部分。