生态农业呼吁采取负责任和有效的治理，以支持实现向可持续粮食和农业系统的转变。具有透明度、责任感和包容性的治理机制对于营造一个支持生产者按照生态农业的概念和方法改变系统的有利环境必不可少。成功的例子包括实施学校供膳和公共采购计划，允许对于差异性生态农业产品进行品牌宣传的市场法规，对生态系统服务进行补贴和奖励。

土地和自然资源管理是一个最佳的例子。对于世界各地农村贫困和弱势人口来说，大多数人的生计高度依赖陆地和水生生物多样性和生态系统服务，但缺少获得这些资源的安全途径。生态农业依赖于公平获取土地和其他自然资源，这不仅是社会正义的关键，也为保护土壤、生物多样性和生态系统服务所必需进行的长期投资提供激励。

不同层级的负责任治理机制能为生态农业提供最佳支持。许多国家已经在国家一级制定法律、政策和方案，奖励有利于提高生物多样性和生态系统服务供给的农业管理。地区、景观和社区一级的治理，例如传统和习惯治理模式，对于加强利益相关者之间的合作，促进协同作用最大化，并减少或管理取舍同样发挥极其重要的作用。