Con el fin de complementar el Plan de Acción Mundial y de abordar la cuestión crucial de la financiación de su puesta en práctica, la Estrategia de Financiación para la Aplicación del Plan de Acción Mundial sobre los Recursos Zoogenéticos , fue adoptada en 2009 por la Comisión de Recursos Genéticos para la Alimentación y la Agricultura.

El objetivo de la Estrategia de Financiación es "aumentar la disponibilidad, la transparencia, la eficiencia y la eficacia del suministro de recursos financieros sustanciales adicionales, así como fortalecer la cooperación internacional y respaldar y complementar los esfuerzos de los países en desarrollo y países con economías en transición relacionados con la puesta en práctica del Plan de Acción Mundial." Abarca "todas las fuentes conocidas y potenciales de recursos financieros" pertinentes para estos objetivos.

El Plan de Acción Mundial establece que "se debería invitar a las principales instituciones multilaterales y bilaterales de financiación y desarrollo a examinar modos de apoyar la aplicación del Plan de Acción Mundial sobre los Recursos Zoogenéticos."

Y apela a los gobiernos de los países desarrollados a:
"conceder la debida atención, incluida la financiación, a la realización de actividades en el marco de las esferas estratégicas prioritarias del Plan de Acción Mundial sobre los Recursos Zoogenéticos por medio de la cooperación bilateral, regional y multilateral."

Cuenta Fiduciaria de la FAO

Tal como quedó planteado en el Plan de Acción Mundial, se ha establecido una Cuenta Fiduciaria de la FAO para la recepción de las contribuciones voluntarias en apoyo de la puesta en práctica del Plan de Acción Mundial. Todos los fondos de la Cuenta Fiduciaria se reparten entre los países para apoyar las actividades de puesta en práctica a nivel nacional o regional. Los procedimientos para el empleo de los recursos de la Cuenta Fiduciaria – prioridades acordadas, criterios de selección, procedimientos operacionales y requisitos de información y notificación – se exponen en la Estrategia de Financiación.

Hacia 2011, la Cuenta Fiduciaria había recibido 1 millón de dólares estadounidenses de varios donantes y la FAO había lanzado la primera convocatoria de propuestas en el marco de la Estrategia de Financiación.

En 2012, se seleccionaron, para recibir financiación, 13 proyectos, en los que estaban involucrados 30 países.