AquaCrop tiene las siguientes limitaciones:

• AquaCrop está diseñado para predecir el rendimiento de los cultivos a escala de un solo campo (simulaciones puntuales). AquaCrop asume que el campo es uniforme, sin diferencias espaciales en el desarrollo del cultivo, la transpiración o la gestión y características del suelo.
• Sólo se tienen en cuenta las entradas verticales (precipitaciones, riego y ascenso capilar) y las salidas verticales (evaporación, transpiración y ascenso capilar).