Dans de nombreux systèmes agricoles traditionnels, on peut encore trouver une grande diversité de cultures à échelle du temps (selon les saisons) et de l’espace (selon le relief, les types de sol, etc.). Étant donné que les plantes ont des exigences différentes en éléments nutritifs, il est donc nécessaire de planifier et de gérer les cultures afin d'optimiser l'utilisation des nutriments du sol. La rotation des cultures, les cultures intercalaires et les cultures de couverture sont les principales alternatives que possèdent les agriculteurs pour gérer la santé et la fertilité des sols. Ces trois pratiques sont décrites dans ce chapitre.