El principal objetivo de este estudio es analizar el efecto del agua residual tratada de la estación Salguero (Valledupar, Colombia) sobre el rendimiento y la calidad microbiológica del pimentón (Capsicum annun L.) cultivado en hidroponía. El diseño es completamente al azar con dos tratamientos: 1) ARCSN: agua del Río Cesar con solución nutritiva; 2) ARTSN: agua residual tratada con solución nutritiva. Se evaluaron los coliformes totales y coliformes termotolerantes de la fruta del pimentón. Los resultados muestran que los porcentajes de germinación en ARCSN y ARTSN son 78% y 82% respectivamente. Los análisis microbiológicos realizados al agua residual y al agua del Río Cesar cumplen con lo establecido en la normativa Colombiana. Los niveles de coliformes (<2 NMP/g) reportados en los frutos de pimentón se encuentran dentro de los límites (<100 NMP/g) permitidos por la Unión Europea. Se concluye que el uso de aguas residuales urbanas en el riego de pimentón no representa un riesgo para la salud pública.