Se estudiaron los agro-ecosistemas de café orgánico y convencional en tres pisos altitudinales de la provincia La Convención, Cusco, Perú. Se evaluó el índice de Shannon, índice de Equidad, indice de Dominancia, incidencia de plagas, cantidad de microorganismos edáficos, características químicas del suelo, rendimiento, calidad del café y rentabilidad del agro-ecosistema. Para la mayor parte de las variables evaluadas no se encontraron diferencias estadísticas entre los agro-ecosistemas orgánico y convencional, con excepción de la calidad organoléptica. Los resultados fueron similares para la mayor parte de variables estudiadas cuando se evaluó el efecto de los pisos altitudinales, con excepción de la incidencia de Hipothenemus hampei (Ferrari), Hemileia vastatrix (Berk. and Br.) y Mycena citricolor (Berkeley y Curtis), pH y CIC del suelo. El rendimiento de café pergamino seco, café exportable, precio y los costos de producción fueron mayores en los sistemas de producción orgánica. La mayor rentabilidad financiera correspondió al sistema de producción orgánica a una altitud de 1600 msnm.