Con el fin de aprovechar su experiencia en el hemisferio occidental, el Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG) confió al Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA) la co-ejecución técnica del Programa Cadenas Productivas (PAF CP) durante los primeros dos años de implementación. Esto le significó al Instituto asumir la responsabilidad de 8 cadenas agroproductivas: granos básicos, miel, lácteos, acuicultura, hortalizas, frutas, cacao y café. Con el IICA, el Programa comenzó a ejecutarse en julio de 2011. El primer año, se trabajó con alrededor de 15 918 familias: 5 700 en granos básicos, 2 014 en lácteos, 2 900 en frutas, 2 900 en café, 1 000 en apicultura, 449 en hortalizas, 285 en cacao y 670 en acuicultura. También se contó, durante los dos primeros años, con la colaboración de diversas dependencias del Gobierno, que ayudaron a crear las condiciones óptimas para la ejecución plena del programa. Para solucionar cuanto antes los problemas y aprovechar las oportunidades existentes, era necesario obtener resultados de manera expedita: construir economías de escala productivas mediante la competitividad y la asociatividad; tener impacto en las cadenas para abastecer los mercados internos formales; transferir conocimientos y buenas prácticas agrícolas en materia de poscosecha y agregación de valor; hacer uso de una mezcla de metodologías y pedagogías sencillas para transferir conocimientos a los  productores; y fomentar la apropiación de dichos conocimientos, así como el empoderamiento, alentando la participación activa de hombres y mujeres.