Nitlapan es un vocablo de la lengua indígena nahuatl que significa “tiempo de sembrar”. Los fundadores y fundadoras de Nitlapan quisieron evocar que la misión del instituto es semejante a la del campesino que sale al campo a sembrar su semilla, con la esperanza de que esta última dará fruto en abundancia. Este mensaje se encuentra simbolizado en la figura del campesino sembrador que aparece en el logotipo de Nitlapan.

Su misión es promover, a nivel territorial, nacional y centroamericano, modelos incluyentes de desarrollo con enfoque de género, mediante servicios no financieros e intervenciones en cadena de valor, mejor gobernanza de la tierra y los recursos naturales, combinando para ello experimentación de procesos novedosos, generación de métodos, investigaciones, formación académica y profesional, e incidencia en políticas públicas.