Este documento describe el proceso para diseñar un sistema de monitoreo ambiental integrado en el Estero Real, Chinandega, Nicaragua entre el 2012 y 2014, tendiente a prevenir los efectos del cambio climático en las comunidades pesqueras y acuícolas más vulnerables y poner en práctica un sistema de alerta temprana ante las amenazas climáticas y otras asociadas a cambio climático. Se describe en forma especial la metodología que se utilizó para diseñar el manual incluyendo los estudios de procesos biofísicos necesarios para determinar estaciones de muestreo, frecuencia de muestreo y métodos de muestreo y análisis. También se incluyen las consultas ciudadanas y a los grupos interesados en la decisión de las amenazas más importantes y como estas se pueden abordar a través de variables y parámetros indicadores. El proceso también aborda la inclusión de alerta temprana para pescadores y acuicultores generada a través de la información colectada en el monitoreo ambiental integrado.