En 1997, en el seminario “Combate a la pobreza con reglas de mercado en el contexto del Mercosur” surgió la recomendación de crear una unidad que apoyase la definición y coordinación de estrategias políticas para combatir la pobreza rural. El FIDA (Fondo Internacional para el Desarrollo Agrícola) decidió apoyar la institucionalización de las políticas de desarrollo rural y reducción de la pobreza y en 1999 inició su apoyo con una donación a los gobiernos del Mercosur, más Chile y Bolivia. Cumplidas diferentes fases a nivel del bloque, en 2012 el programa pasa al CLAEH y se inicia una nueva etapa en el proyecto, con una dinámica institucional.