Toda intervención cuyo propósito sea proteger y gestionar servicios ecosistémicos agrícolas debe estar basada en la comprensión global de los distintos ecosistemas existentes en el área, de los servicios que estos proporcionan y de los beneficiarios de tales servicios. Para entender el valor de un servicio ecosistémico -y poder así mantenerlo y mejorarlo- es fundamental, además, identificar y definir a sus usuarios.

La valoración de los servicios ecosistémicos comprende dos tipos de valor: el valor de uso y el de no uso.

Los valores de uso implican la utilización directa de los productos que proporcionan los ecosistemas: por ejemplo, la utilización del agua para riego. Los valores de uso serán indirectos cuando están relacionados con la utilización indirecta de los servicios de regulación que presta el ecosistema (como la infiltración de agua o el ciclo del agua) y que provienen del uso directo del agua. El valor que se le atribuye a la disponibilidad futura de dicho servicio ecosistémico también representa un valor opcional.

Los valores de no uso se refieren al valor inherente a ese mismo recurso hídrico natural, aun cuando no se esté utilizando actualmente. Este se refiere al simple derecho de existencia de un ecosistema y su valor eventual para el uso de generaciones futuras. La incorporación de estos dos valores permite una negociación más justa de los ISE ante los proveedores, los beneficiarios y los propios ecosistemas. No obstante, es probable que deba llegarse a un compromiso para compatibilizar los servicios con sus usuarios, lo que necesita un reconocimiento cuidadoso y deberá producir una negociación adecuada de los incentivos.