Les eaux douces sont parmi les écosystèmes les plus fortement affectés par les activités humaines. Les impacts majeurs sur la biodiversité comprennent la pollution, la perte et la dégradation de l'habitat, l'assèchement des zones humides, la fragmentation des rivières et la mauvaise gestion des terres. La biodiversité des poissons  sert d’indicateurs de la santé des écosystèmes. La biodiversité d'eau douce est menacée et a diminué dans de nombreuses zones en raison de ces impacts.

Les écosystèmes aquatiques (continentaux et marins) représentent les sources d’alimentation les plus riches en biodiversité consommées par l’homme. Cela comprend les plantes vasculaires et les algues, ainsi que les animaux tels que les crustacés, les mollusques, les reptiles, les amphibiens et les poissons. Les écosystèmes d’eau douce ne couvrent qu’environ 1% de la surface de la terre, mais fournissent un habitat à plus de 40% (13 000) des espèces de poissons d’eau douce du monde. Deux mille autres espèces de poissons peuvent également vivre en eaux saumâtres.

Les régions néo tropicales comptent la biodiversité la plus élevée de poissons. De plus, les plaines inondables et les zones humides tropicales et subtropicales sont les écorégions ayant les plus hauts niveaux de biodiversité. Les rizières sont une source importante de biodiversité et comprennent plus de 200 espèces de poissons, d'insectes, de crustacés, de mollusques, de reptiles, d'amphibiens et de plantes (en plus du riz) utilisées par les communautés locales.

De nombreuses espèces d'eau douce sont importantes pour l'industrie de l’aquaculture en tant que sources de géniteurs pour le frai et les premiers stades de la vie (e.g. œufs, larves) pour la croissance. Les espèces aquatiques non indigènes peuvent contribuer de manière significative à la production et à la valeur des pêches continentales et de l'aquaculture.