Для пресноводных экосистем характерно мощное воздействие ведущейся человеком деятельности. Основные факторы, воздействующие на биоразнообразие – это загрязнение, деградация и утрата мест обитания, осушение болот, прерывание водотоков рек и отсутствие должного управления землепользованием. Показателем здоровья экосистемы может служить – и служит – биоразнообразие рыбных запасов. Биоразнообразие пресноводных экосистем находится под угрозой, во многих районах под воздействием указанных выше факторов оно сокращается.

Водные экосистемы (пресноводные и морские) – это отличающиеся наибольшим биоразнообразием источники потребляемой людьми пищи. Их биоразнообразие составляют сосудистые растения и водоросли, а также животные – ракообразные, моллюски, рептилии, земноводные и костные рыбы. Пресноводные экосистемы занимают всего лишь около 1% поверхности земли, но при этом представляют собой среду обитания более чем 40% (около 14 000) известных видов пресноводных рыб. Еще 2000 видов рыб способны жить в солоноватых водоемах.

Среди экорегионов наибольшим разнообразием рыб отличаются неотропические зоны, высок уровень биоразнообразия в пойменных реках и болотах тропиков и субтропиков. Важнейший источник биоразнообразия – рисовые чеки, где встречаются более 200 видов используемых местными общинами рыб, насекомых, ракообразных, моллюсков, рептилий, земноводных и растений (помимо риса).

Многие пресноводные виды представляют значительный интерес для промышленной аквакультуры в качестве маточного стада в период нереста и материала для подращивания на ранних этапах биологического цикла (икра, личинки). Значительную роль в плане производства и повышения ценности рыболовства и аквакультуры во внутренних водоемах могут играть чужеродные виды.