淡水是受人类活动影响最为严重的生态系统之一。生物多样性方面的主要影响包括污染、生境丧失和退化、湿地干涸、河流破碎化、土地管理不善。鱼类的生物多样性可以且确实是生态系统健康的指标。由于这些影响，许多地区的淡水生物多样性受到威胁并有所减少。

水生生态系统（内陆和海洋）是最具生物多样性的人类食物来源。其中包括维管植物和藻类以及动物，如甲壳类动物、软体动物、爬行动物、两栖动物和有鳍鱼类。淡水生态系统仅覆盖地球表面的1%左右，但却为全世界40%以上（13 000）的淡水鱼类物种提供生境。另有2 000种鱼类还可以在微咸水中生存。

新热带地区的鱼类生物多样性水平最高，热带和亚热带漫滩河流和湿地是生物多样性水平最高的生态区。稻田是生物多样性的重要来源，包括当地社区使用的200多种鱼类、昆虫、甲壳类动物、软体动物、爬行动物、两栖动物和植物（除水稻外）。

许多淡水物种对水产养殖业非常重要，因为它们是产卵和养大之前早期生命阶段（如卵、幼虫）的孵化种群来源。非本地水生物种可以对内陆渔业和水产养殖的产量和价值作出重大贡献。