تتأثر مصايد الأسماك الداخلية تأثرًا شديدًا بسائر مستخدمي الموارد من المياه والأراضي. وبالتالي، تقتضي إدارة مصايد الأسماك الداخلية اتباع نهج النظام الإيكولوجي الذي يأخذ بعين الاعتبار العوامل البيولوجية والبشرية والاقتصادية والاجتماعية داخل قطاع مصايد الأسماك وخارجه. ويمثّل إشراك أصحاب المصلحة المعنيين والتخطيط لإنشاء مصايد الأسماك وتطويرها وإدارتها سعيًا إلى تلبية احتياجات المجتمعات ورغباتها المتعددة سمة هذا النهج. ويعطي هذا النهج أيضًا أولوّية للاستدامة للتأكد من أن الإجراءات المتخذة على المدى القصير لا تشكل خطرًا على خيارات الأجيال المقبلة في الاستفادة من جميع أنواع السلع والخدمات التي توفّرها النظم الإيكولوجية للمياه الداخلية/المياه العذبة.

وتعمل منظمة الأغذية والزراعة على تعزيز الإدارة الرشيدة لمصايد الأسماك الداخلية من خلال نُهج النظام الإيكولوجي. إذ يمكن إدارة مصايد الأسماك الداخلية، ولكنّ ذلك في كثير من الأحيان، يحتاج إلى إقامة حوار مع سائر مستخدمي الموارد. وقد استعرضت المنظمة أيضًا تأثيرات الاعتبارات البيئية بما يشمل تغير المناخ، بوصفها محرّكات أساسية في إنتاجية مصايد الأسماك الداخلية وقدرتها على الصمود.