Le projet de gestion transfrontière des agro écosystèmes  de la Kagera (PGTA Kagera) a été approuvé par le Fonds pour l’Environnement Mondial (FEM) en juin 2009 et ses activités ont commencé en avril 2010, avec les signatures des 4 pays bénéficiaires. Le FEM contribue à hauteur de 6 363 000 dollars des Etats-Unis, via  TerrAfrica/PSI. Le co-financement dans le cadre d’accords de collaboration avec les programmes gouvernementaux et les organisations partenaires dans le bassin, et via des contributions en nature de la FAO (organisme d’exécution et de réalisation du FEM) devrait s’élever à plus de 21 millions de dollars des Etats-Unis.

Le projet est un des 39 projets sur la dégradation des terres, intégrés au programme cadre du FEM «Programme stratégique d’investissement pour la Gestion durable des terres en Afrique Subsaharienne» (TerrAfrica/PSI); ses activités sont intégrées dans le programme d’action du NEPAD, leur budget total s’élève à 150 millions de dollars EU.