الاستدامة في المدى الطويل - الكثير من التغييرات الملاحظة في البيئة تعتبر طويلة الأجل وتحدث ببطء بمرور الوقت. وتدرس الزراعة العضوية التأثيرات المتوسطة والطويلة الأجل للتدخلات الزراعية على النظم الايكولوجية الزراعية. وتهدف إلى إنتاج الأغذية مع إيجاد توازن أيكولوجي لتلافي مشكلات خصوبة التربة والآفات. وتتخذ الزراعة العضوية منهجا استباقي في مواجهة معالجة المشكلات بعد ظهورها.
التربة – تعتبر أساليب بناء التربة مثل الدورات المحصولية والزراعة البيئية، وارتباطات تكافلية ومحاصيل التغطية، والأسمدة العضوية إذ أنها تشجع حيوانات ونباتات التربة وتحسين من تكوين التربة وقوامها وأقامة نظم أكثر استقرارا. وفي المقابل يزداد دوران المغذيات والطاقة وخصائص التربة في الاحتفاظ بالمغذيات والمياه، والتعويض عن عدم استخدام الأسمدة المعدنية. ويمكن أن تضطلع تقنيات الإدارة بدور هام في مكافحة تعرية التربة. ويتناقص طول الوقت الذي تتعرض فيه التربة لقوى التعرية، ويزداد التنوع البيولوجي للتربة، وتقل خسائر المغذيات مما يساعد على المحافظة على إنتاجية التربة وتعزيزها. ويتم عادة تعويض ما تفقده التربة من مغذيات من موارد متجددة مستمرة من المزرعة إلا أنها ضرورية في بعض الأحيان لتكملة التربة العضوية بالبوتاس والفوسفات والكالسيوم والمغنسيوم والعناصر النزرة من المصادر الخارجية.
المياه - يعتبر تلوث مجاري المياه الجوية بالأسمدة التخليقية والمبيدات مشكلة كبيرة في كثير من المناطق الزراعية. ونظرا لأن استخدام هذه المواد محظور في الزراعة العضوية، فإنها تستبدل بالأسمدة العضوية (مثل الكومست وروث الحيوان، والسماد الأخضر) ومن خلال استخدام قدر أكبر من التنوع البيولوجي (من حيث الأصناف المزروعة والغطاء النباتي الدائم)، وتعزيز قوام التربة وتسرب المياه. وتؤدي النظم العضوية حسنة الإدارة والتي تتسم بالقدرة الأفضل على الاحتفاظ بالمغذيات إلى إحداث خفض كبير في مخاطر تلوث المياه الجوفية. وفي بعض المناطق حيث يعتبر التلوث مشكلة حقيقية، يجرى بشدة تشجيع الزراعة العضوية باعتبارها من تدابير استعادة القدرات (بواسطة حكومتي فرنسان وألمانيا).
الهواء – تقلل الزراعة العضوية من استخدام الطاقة غير المتجددة من خلال خفض الاحتياجت من الكيماويات الزراعية (حيث تتطلب هذه إنتاج كميات كبيرة من الوقود الأحفوري). وتسهم الزراعة العضوية في التخفيف من تأثيرات الدفيئة، والاحترار الحراري من خلال قدرتها على استيعاب الكربون في التربة. ويزيد الكثير من أساليب الإدارة التي تستخدمها الزراعة العضوية (مثل تقليل الحراثة إلى أدنى حد ممكن، وزيادة إدراج البقول المثبتة للنيتروجين) من عودة الكربون إلى التربة مما يؤدي إلى زيادة الإنتاجية وتوفير الظروف المواتية لتخزين الكربون.
التنوع البيولوجي– يعتبر ممارسو الزراعة العضوية قيمين ومستخدمين للتنوع البيولوجي على جميع المستويات. فعلى مستوى الجينات، تفضل البذور والسلالات التقليدية المكيفة لزيادة مقاومتها للأمراض وصمودها أما الإجهاد المناحي. وعلى مستوى الأنواع، تؤدي التوليفة المتنوعة من النباتات والحيوانات إلى توافر الدوران الأمثل للمغذيات والطاقة اللازمين للإنتاج الزراعي. وعلى مستوى النظام الايكولوجي، فإن المحافظة على المناطق الطبيعية داخل وحول الحقول العضوية وفي غياب المدخلات الكيماوية تؤدي إلى توفير موائل مناسبة للحياة البرية. ويقلل الاستخدام المتكرر للأصناف قليلة الاستخدام (غالبا باعتبارها محاصيل الدورة الزراعية لبناء خصوبة التربة) تآكل التنوع البيولوجي الزراعي مما يؤدي إلى توافر تجمع جيني سليم – وهو الأساس الذي يعتمد عليه في عمليات المواءمة في المستقبل. ويؤدي اجتذاب الأنواع المعاد استنساخها إلى المناطق العضوية (الدائمة والمهاجرة) بما في ذلك النباتات والحيوانات البرية (مثل الطيور) والكائنات المفيدة للنظم العضوية مثل الملقحات ومفترسات الآفات.
الكائنات المحورة وراثيا – لا يسمح باستخدام الكائنات المحورة وراثيا في النظم العضوية خلال أية مرحلة من مراحل إنتاج الأغذية العضوية تصنيعها أو مناولتها. ونظرا لأنه لم تفهم تماما حتى الآن التأثيرات المحتملة للكائنات المحورة وراثيا على البيئة والصحة، فإن الزراعة العضوية تتخذ منهجا وقائيا وتختار تشجيع التنوع البيولوجي الطبيعي. ولذا فإن بطاقات البيانات العضوية توفر تأكيدا بأن الكائنات المحورة وراثيا لم تستخدم عن عمد في إنتاج وتصنيع المنتجات العضوية. وهذا أمر لا يمكن ضمانه في المنتجات التقليدية نظرا لأن وضع بطاقات البيانات التي تشير إلى وجود كائنات محورة وراثيا في المنتجات الغذائية لم يدخل بعد موضع النفاذ في معظم البلدان. غير أنه مع إزدياد استخدام الكائنات المحورة وراثيا في الزراعة التقليدية ونتيجة لطريقة نقل هذه الكائنات في البيئة (ومن خلال حبوب اللقاح)، لن تستطيع الزراعة العضوية في المستقبل. وترد مناقشة معضلة عن الكائنات المحورة وراثيا في مطبوع المنظمة عن "الكائنات المحورة وراثيا، والمستهلكون وسلامة الأغذية والبيئة".
الخدمات الايكولوجية– يوفر تأثير الزراعة العضوية على الموارد الطبيعية ظروفا مواتية للتفاعلات داخل النظام الايكولوجي الزراعي التي تعتبر حيوية لكل من الإنتاج الزراعي وصيانة الطبيعة. وتشمل الخدمات الايكولوجية المستمدة تكوين التربة وتكيفها، وتثبيت التربة، وإعادة استخدام الماء العادي وامتصاص الكربون، ودوران المغذيات، والمفترسات، والتلقيح، والموائل. ويروج المستهلك باختياره للمنتجات العضوية، عن طريق قوته الشرائية، لنظم الزراعة الأقل تلويثا. وتنخفض التكاليف الحقيقية للزراعة على البيئة من حيث تدهور الموارد الطبيعية. ويفحص مطبوع صدر أخيرا من إداد جوليس بريتي بعنوان "التكاليف الحقيقية للزراعة الحديثة" الكثير من هذه القضايا بقدر أكبر من التفصيل.
