Durabilité sur le long terme. Les nombreux changements que l'on peut observer au niveau de l'environnement ne peuvent s'effectuer que sur le long terme car il s'opèrent lentement. L'agriculture biologique tient compte des incidences des méthodes de production sur l'agrosystème sur le moyen et le long termes. Elle vise à produire des aliments tout en créant un équilibre écologique en vue de réduire les problèmes de fertilité des sols et de ravageurs. L'agriculture biologique privilégie une approche proactive plutôt que le traitement des problèmes à fur et à mesure de leur apparition.
Sols. Les méthodes visant à entretenir la qualité des sols, comme la rotation des cultures, les cultures intercalaires, les associations symbiotiques, les cultures de couverture, les engrais biologiques et le labourage superficiel des terres, sont essentielles dans l'agriculture biologique. Ces méthodes sont propices à la faune et à la flore des sols puisqu'elles en améliorent la composition et la structure et créent des systèmes plus stables. Le cycle nutritif et énergétique est à son tour stimulé et les sols retiennent mieux les éléments nutritifs et l'eau, compensant ainsi l'absence d'utilisation d'engrais minéraux. Ces techniques de gestion jouent également un rôle crucial dans le contrôle de l'érosion des sols. Les sols sont moins longtemps exposés aux facteurs d'érosion, la biodiversité des sols augmente et les pertes de substances nutritives diminuent, ce qui contribue à maintenir et accroître leur productivité. Le transfert des substances nutritives résultant de la culture est en général compensé par des ressources renouvelables générées par l'exploitation elle-même, mais il est parfois nécessaire d'enrichir les sols organiques en potassium, phosphate, calcium, magnésium et oligo-élements provenant de sources extérieures.
Eau. Dans de nombreuses zones agricoles, les engrais et les pesticides de synthèse polluent les nappes phréatiques, ce qui pose un grave problème. Ces substances, interdites dans l'agriculture biologique, sont remplacées par des engrais biologiques (compost, fumier, énergie verte) et par l'utilisation d'une biodiversité plus riche (en terme d'espèces cultivées et de végétaux permanents), ce qui améliore la structure des sols et favorise l'infiltration de l'eau. Les systèmes d'agriculture biologique bien gérés, capables de mieux conserver les éléments nutritifs des sols, réduisent considérablement le risque de pollution des nappes phréatiques. Dans les zones où la pollution est un réel problème, la conversion des terres à l'agriculture biologique est fortement encouragée en tant que mode de récupération (préconisation des gouvernements français et allemand, par exemple).
Air. L'agriculture biologique diminue l'utilisation des énergies non renouvelables en réduisant les besoins de produits agrochimiques (qui exigent de produire de grandes quantités de combustible d'origine fossile). L'agriculture biologique contribue à atténuer les effets de serre et à réduire le réchauffement de la planète grâce à sa capacité à éliminer le carbone des sols. De nombreuses méthodes de gestion utilisées en agriculture biologique (labourage minimum, réintégration des résidus de récoltes dans le sol, utilisation de cultures de couverture, rotations, plus grande intégration de légumineuses fixatrices d'azote) permettent d'accroître le retour du carbone dans le sol, augmentant ainsi la productivité et favorisant la rétention de carbone.
Biodiversité. Les agriculteurs biologiques sont à la fois gardiens et utilisateurs de la biodiversité à tous les niveaux. Au niveau génétique, l'agriculture biologique privilégie les semences traditionnelles et adaptées car elles résistent mieux aux maladies et sont moins sensibles aux chocs climatiques. Au niveau des espèces, la diversité des associations de végétaux et d'animaux optimise le cycle nutritif et énergétique pour la production agricole. Au niveau de l'écosystème, la préservation de zones naturelles à l'intérieur et en périphérie des champs organiques ainsi que l'absence de produits chimiques permet de créer un habitat propice à la faune sauvage. L'utilisation fréquente d'espèces sous-utilisées (sous forme souvent de cultures de rotation destinées à accroître la fertilité des sols) réduit l'érosion de l'agro-biodiversité, créant ainsi un patrimoine génétique plus sain, fondement même de toute adaptation future. Les structures construites pour fournir abri et nourriture ainsi que l'élimination de pesticides attirent de nouvelles espèces ou des espèces colonisatrices (permanentes aussi bien que migratoires) vers les zones d'agriculture biologique, y compris la faune et la flore sauvages (oiseaux) et les organismes bénéfiques au système biologique (pollinisateurs et prédateurs se nourrissant de ravageurs).
Organismes génétiquement modifiés. Il est interdit d'utiliser des OGM à tous les stades de la production, du traitement ou de la manutention des aliments biologiques. Étant donné que l'on ignore les conséquences des OGM sur l'environnement et la santé, l'agriculture biologique préfère opter pour la prudence et choisit d'encourager la biodiversité naturelle. Le label 'bio' garantit ainsi que des OGM n'ont pas été intentionnellement utilisés dans la production et la transformation des produits biologiques. Cette garantie ne peut être donnée pour les produits classiques puisque la majeure partie des pays n'ont pas encore décidé de mentionner la présence d'OGM dans les produits alimentaires. Toutefois, en raison de l'utilisation croissante des OGM dans l'agriculture traditionnelle et de la manière dont ces organismes se répandent dans l'environnement (par le pollen), l'agriculture biologique ne sera plus en mesure de garantir à l'avenir que ses produits sont totalement exempts d'OGM. Pour un débat approfondi sur les OGM, consultez le document de la FAO 'Les organismes génétiquement modifiés : les consommateurs, la qualité des aliments et l'environnement' (Les organismes génétiquement modifiés: les consommateurs, la sécurité des aliments et l'environnement).
Services rendus à l'environnement. L'incidence de l'agriculture biologique sur les ressources naturelles favorise des interactions au sein de l'agrosystème qui sont vitales à la production agricole et à la protection de la nature. La constitution et l'amendement des sols, la stabilisation des sols, le recyclage des déchets, la rétention de carbone, le cycle nutritif, la prédation, la pollinisation et la création d'habitats figurent parmi les services rendus à l'environnement. En choisissant des produits biologiques, les consommateurs, par leur pouvoir d'achat, participent à la promotion d'un système agricole moins polluant. De plus, l'agriculture biologique permet de réduire la dégradation des ressources naturelles, qui, dans l'agriculture traditionnelle, est un coût invisible . Un récent document de Jules Pretty intitulé 'Les coûts réels de l'agriculture' (The Real Costs of Modern Farming) étudie un grand nombre de ces questions en détail.
