Долгосрочная стабильность. Многие изменения, которые происходят в окружающей среде, имеют долгосрочный характер и возникают медленно в течении продолжительного периода времени. Органическое сельское хозяйство предусматривает средне- и долгосрочный эффект воздействия на агро-экосистему. Оно ставит своей целью производить продукты питания в условиях экологического баланса, предотвращающего истощения плодородия почв или возникновения проблемы с вредителями. Органическое сельское хозяйство использует метод упреждения, в противоположность методу решения проблем уже после того, как они возникли.
Почва. Такие практики землепользования как посевной оборот, возделывание промежуточных культур, разновидности симбиоза, возделывание покровных культур, органических удобрений и минимальная обработка почвы – все они являются важнейшими методами органического сельского хозяйства. Они содействуют развитию почвенной флоры и фауны, улучшают состав и структуру почвы, создают более стабильные экосистемы. В результате такого подхода усиливается оборот питательных и энергетических веществ, повышается способность почвы удерживать влагу и питательные вещества, что компенсирует отказ от использования минеральных удобрений. Такие методы землепользования также играют существенную роль в борьбе с эрозией почвы. Промежуток времени, в течение которого почва подвергается воздействию эрозийных процессов, существенно сокращается, биоразнообразие почвы возрастает, потери питательных веществ уменьшаются, что все вместе служит поддержанию и повышению плодородности почвы. Экспорт питательных веществ, содержащихся в почве, обычно компенсируется возобновляемыми ресурсами, производимыми на ферме, однако иногда требуется дополнительное обогащение органической почвы калием, фосфором, кальцием, магнием и другими микроэлементами из внешних источников.
Вода. Во многих сельскохозяйственных регионах загрязнение грунтовых вод вследствие использования синтетических удобрение и пестицидов, является главной проблемой. Их использование в органическом сельском хозяйстве запрещено, поэтому синтетику заменяют органическими удобрениями (например, используется компост, навоз, зеленые удобрения), что совместно с использованием большего биологического разнообразия (в отношении возделываемых культур) ведет к улучшению структуры почвы и инфильтрации воды. Правильное управление органическими системами с улучшенной способностью удерживать питательные вещества, существенно сокращает риск загрязнения грунтовых вод. В некоторых регионах, в которых загрязнения окружающей среды является существенной проблемой, переход на органическое сельское хозяйство крайне желателен как восстановительная мера (например, этот переход рекомендуется правительствами Франции и Германии).
Воздух. Органическое сельское хозяйство сокращает использование невозобновляемых источников энергии путем сокращения агрохимических потребностей (данный метод требует производства большого количества ископаемого топлива). Органическое сельское хозяйство вносит свой вклад в борьбу с парниковым эффектом и процессом глобального потепления благодаря применению практик, ведущих к удержанию углерода в почве. Таких практик, используемые в органическом сельском хозяйстве, очень много (например, минимальная обработка почвы, возвращение растительных остатков урожая в почву, выращивание покровных культур и севооборот, а также более тесная интеграция азотофиксирующих бобовый культур), все эти меры увеличивают объем возвращения углерода в почву, увеличивают ее продуктивность и способствуют ее способности удерживать углерод.
Биоразнообразие. Фермеры, занимающиеся органическим сельским хозяйством, являются одновременно хранителями и пользователями биоразнообразия на всех его уровнях. На генетическом уровне традиционные и адаптированные сорта семян и породы домашнего скота являются более предпочтительными в силу их способности сопротивляться заболеваниям и большей адаптированности к условиям климатического стресса. На отдельных уровнях предпочтительными для применения оказываются другие комбинации культур и скота, так как они оказываются более оптимальными для сельскохозяйственного производства с точки зрения оборота питательных веществ и энергоемкости. На уровне экосистемы, сохранение природных зон в пределах и вокруг органических полей, а также отказ от использования химикатов – все это создает подходящие условия для обитания диких животных. Частое применение редко-используемых видов (в большинстве случаев в качестве севооборота для улучшения плодородности почвы) уменьшает эрозию агро- биоразнообразия и создает более здоровый генофонд - основу для адаптации будущих сортов и видов. Создание системы, предоставляющей корм и убежище, совместно с отказом от использования пестицидов, создает благоприятные условия для привлечения новых и возобновляемых колоний органической среды (как постоянных, так и мигрирующих), включая дикую флору и фауну (например, птиц), а также полезных для органической системы организмов, таких как опылители и фаги.
Генетически модифицированные организмы. Использование ГМО в органическом сельском хозяйстве строго запрещено на всех стадиях производства, переработки и обращения органических пищевых продуктов. Так как потенциальное влияние ГМО на окружающую среду и здоровье человека не изучено до конца, органическое сельское хозяйство использует в этом вопросе предупредительную политику, выбирая своей целью поощрение использования и выращивания натуральных биологических продуктов. Маркировка «органический» на продукте таким образом свидетельствует о том, что в процессе его производства и обработки не использовались ГМО. И это то, что не может быть гарантировано потребителю, покупающему традиционный продукт, так как во многих странах до сих пор не вступило в силу предписание о том, что факт использования ГМО в процессе производства продукта или в самом продукте должен быть непременно отражен на его маркировке. Тем не менее, по мере все большего распространения использования ГМО в традиционном сельском хозяйстве и вследствие трансмиссии ГМО в окружающую среду (например, через пыльцу), органическое сельское хозяйство в скором времени не сможет полностью гарантировать отсутствие ГМО в органически продуктах. Подробную запись дискуссий о ГМО вы можете найти в следующих публикациях ФАО: Генетически модифицированные организмы, Потребители, Продовольственная безопасность и Окружающая среда.
Влияние на экологию. Органическое сельское хозяйство оказывает свое положительное влияние на природные ресурсы, способствует поддержанию процессов взаимодействия внутри агро-экосистемы, что является жизненно важным и для сельскохозяйственного производства, и для охраны природы. Таким образом, позитивно влияющими на экологию факторами являются формирование, кондиционирование и стабилизация почвы, переработка отходов, удержание углерода, оборот питательных веществ, опыление и защита окружающей среды. Выбирая в магазине органический продукт, потребитель вносит свой вклад в развитие сельскохозяйственной системы, которая в меньшей степени загрязняет окружающую среду. В условиях деградации природных ресурсов скрытые затраты сельского хозяйства на окружающую среду в настоящее время сокращаются. В своей недавно вышедшей статье «Истинные затраты современного сельского хозяйства» Джулс Притти исследует многие эти темы более подробно.