Le partage juste et équitable des avantages découlant de l'utilisation des RPGAA est l'un des objectifs du Traité international. Les avantages sont partagés de manière multilatérale entre les Parties contractantes, plutôt qu'exclusivement avec un pays particulier, une attention particulière étant accordée aux besoins des pays en développement. C'est un signe supplémentaire de l'esprit de collaboration du Traité international pour atteindre des objectifs communs définis conjointement.

Les avantages principalement aller aux agriculteurs de tous les pays, en particulier des pays en développement, qui conservent et utilisent de manière durable les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture.

Le Traité international prévoit plusieurs mécanismes multilatéraux de partage des avantages, tant monétaires que non monétaires:

• L'accès facilité dans le cadre du Système multilatéral est un avantage majeur en soi. Nombreux sont ceux qui considèrent que cet accès offre des « avantages monétaires indirects », en raison de son impact socio-économique important et des coûts de transaction réduits par rapport aux conditions d'accès et de partage des avantages négociées individuellement. Les millions de transferts de matériel effectués via le Système multilatéral sont un indice impressionnant de réussite.

• L'échange de la grande quantité d'informations et de connaissances relatives aux ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture conservées dans les banques de gènes et ailleurs est essentiel au bon fonctionnement du Système multilatéral. Ces informations consistent en des catalogues et des inventaires, des informations sur les technologies, les résultats de la recherche technique, scientifique et socio-économique, y compris la caractérisation, l'évaluation et l'utilisation, concernant les RPGAA couvertes par le Système multilatéral. Le partage des connaissances et des informations est facilité par le Système mondial d'information, et ce partage facilité est également demandé par les utilisateurs en ce qui concerne le matériel auquel ils accèdent via le Système multilatéral.

• L'accès aux ressources et le transfert de technologies aux fins de la conservation, la caractérisation, l'évaluation et l'utilisation des ressources phytogénétiques couvertes par le Système multilatéral sont avantageux pour toutes les Parties contractantes. Les mesures spécifiques établies par le Traité international comprennent:
• la création et le maintien, et la participation à des groupes thématiques sur l'utilisation des RPGAA;
• tout type de partenariat dans les domaines de la recherche et du développement ainsi que les partenariats commerciaux portant sur le matériel reçu;
• développement des ressources humaines; et
• un accès efficace aux installations de recherche

• Les activités et programmes de renforcement des capacités en tant que mécanisme de partage des avantages commencent par les priorités établies par les pays en développement dans leurs propres plans et programmes. Les domaines que les Parties contractantes ont convenu de prioriser comprennent les activités suivantes:
• établir et/ou renforcer des programmes d'enseignement et de formation scientifiques et techniques dans le domaine de la conservation et de l'utilisation durable des RPGAA;
• développer et renforcer les structures consacrées à la conservation et à l'utilisation durable des RPGAA, en particulier dans les pays en développement et les pays à économie en transition; et
• mener des recherches scientifiques de préférence, et si possible, dans les pays en développement et les pays à économie en transition, en coopération avec les institutions de ces pays, et renforcer les capacités pour de telles recherches dans les domaines où elles sont utiles.

• Les avantages monétaires et autres découlant de la commercialisation sont partagés multilatéralement en vertu du Traité international. Le bénéficiaire du matériel génétique est tenu de verser une part préétablie "juste et équitable" des avantages découlant de la commercialisation des RPGAA au Fonds fiduciaire pour le partage des avantages. Le Fonds fiduciaire pour le partage des avantages est un élément essentiel de la Stratégie de financement et du Système multilatéral. Il s'agit du mécanisme opérationnel de réception, d'utilisation et de partage des avantages monétaires découlant du Système multilatéral, et ses ressources financières comprennent également des contributions volontaires.

En pratique, les Parties contractantes sont très actives dans le partage des avantages, en s'associant également avec les parties prenantes et les institutions internationales. Une série d'exemples inspirants sont fournis dans les rapports nationaux que le Comité d’application résume pour chaque session de l'Organe directeur. Un certain nombre d'expériences ayant des impacts directs sur le terrain sont disponibles sur la page web du cycle de projet au titre du Fonds fiduciaire pour le partage des avantages.