Dans la plupart des programmes de certification forestière, les exigences spécifiques pour une bonne gestion des forêts sont présentées sous forme d’un système hiérarchique de principes, critères et indicateurs. Les principes fournissent un cadre global et présentent une vision de la gestion durable des forêts. Les critères sont des catégories de conditions ou procédures permettant d’évaluer la gestion durable des forêts, et chaque critère est caractérisé par un ensemble d’indicateurs qui peuvent être surveillés pour estimer le changement au fil du temps.

Le processus grâce auquel les organismes de certification ont formulé leurs principes, critères et indicateurs a évolué. En 1994, le FSC a défini dix principes et critères mondiaux qui ont établi le cadre dans lequel les groupes nationaux pouvaient élaborer leurs indicateurs et vérificateurs en spécifiant les normes nationales et sous-nationales par le biais de processus multi-parties prenantes.

Le PEFC a adopté une définition de la gestion durable des forêts élaborée par la Conférence ministérielle sur la protection des forêts en Europe en 1993 (et adoptée plus tard par la FAO). Le PEFC complète ses principes, critères et indicateurs tirés de processus intergouvernementaux reconnus au plan mondial, par des conditions supplémentaires  dans des programmes nationaux. Ces conditions supplémentaires sont préparées avec la participation de parties prenantes clés comprenant les propriétaires et gestionnaires forestiers, et avalisés par le Conseil du PEFC.

Les normes de certification sont normalement élaborées, examinées et révisées au cours de consultations avec les parties prenantes. Des normes mondiales peuvent être adaptées pour convenir au contexte national ; le FSC adapte, par exemple, ses normes mondiales par le biais d’un réseau de groupes de travail nationaux.

Malgré de nombreuses différences dans la portée, le contenu et les procédures, tous les programmes de certification forestière crédibles exigent la conformité aux lois et réglementations existantes ; la protection de la biodiversité, des espèces en danger et des habitats de la faune sauvage ; des niveaux durables d’exploitation ; la protection de la qualité de l’eau ; le respect des droits des populations locales et des employés ; la viabilité économique des opérations forestières ; un plan de gestion rationnel ; et la surveillance des opérations. En outre, les certificateurs devront mettre à la disposition du public les sommaires des vérifications et établir des mécanismes pour prendre en compte les doléances et les appels.

Le FSC et le PEFC ont des approches différentes. Le FSC utilise un système d’accréditation des certificateurs, qui sont responsables de la vérification des opérations forestières, de l’évaluation de la conformité aux normes du FSC (élaborées au niveau national ou sous-national) et de la délivrance des certificats FSC. Les entreprises forestières et les groupes d’unités de gestion forestière certifiés ainsi peuvent appliquer le label du FSC sur leurs produits. En revanche, le PEFC avalise les systèmes de certification nationaux (la Norme forestière de l’Australie et le Programme de certification du Brésil, par exemple) qui élaborent leurs propres normes de certification et accréditent les certificateurs. Les opérations forestières certifiées de telle manière sont autorisées à appliquer le label du PEFC sur leurs produits.

La procédure d’accréditation suivie par le FSC et par les systèmes de certification nationaux comprend une combinaison de vérifications sur le terrain et au bureau et vise à assurer que les certificateurs appliquent les règlements et les procédures stipulés et travaillent à des niveaux uniformément élevés. Tous les systèmes nationaux voulant être reconnus par le PEFC sont soumis à une évaluation indépendante pour confirmer leur adhésion aux conditions de durabilité du PEFC. Bien qu’ils adoptent des approches différentes, tant le FSC que le PEFC sont des organisations-cadres conçues pour garantir l’uniformité des normes de certification.

Les requérants doivent prendre les mesures suivantes pour démontrer leur pleine conformité avec les normes de certification de la gestion des forêts. Néanmoins, la succession et l’intensité de ces mesures peut varier entre les programmes et les opérations :

• Préparation. Le gestionnaire forestier (« opérateur ») obtient des informations sur la certification en s’entretenant avec des experts ou par d’autres sources (en ligne, par exemple).
• Contacts. L’opérateur contacte des certificateurs potentiels, qui fournissent des informations sur les conditions et les détails de la procédure de certification et, sur la base des informations fournies par l’opérateur, estiment les coûts de la certification de l’opération.
• Décision. L’opérateur détermine l’investissement global nécessaire pour remplir les conditions de la certification et jouir des avantages qui  pourraient en découler. En fonction de ces informations, il décide si la certification lui convient et, le cas échéant, le programme de certification et le certificateur le plus adapté.
• Contrat. L’opérateur et le certificateur choisi signent un contrat officiel.
• Vérification préliminaire. Une fois engagé, le certificateur examine la documentation pertinente pour vérifier si elle correspond aux normes de la certification.
• Évaluation sur place. Une équipe d’experts choisis par le certificateur entreprend une évaluation minutieuse sur place, contrôlant les opérations forestières et s’entretenant avec des parties prenantes pertinentes, y compris des employés et la population locale. L’équipe rédige un rapport sur l’efficacité de l’opérateur en fonction des normes pertinentes.
• Ajustements. Sur la base des conclusions de l’équipe d’experts, l’opérateur pourrait devoir ajuster son opération pour assurer qu’elle adhère aux normes de certification; ces ajustements sont souvent appelés « mesures correctives principales ». Pour améliorer l’efficacité, l’équipe d’experts pourrait aussi recommander d’autres mesures, qui devront être prises pendant la période de certification et appelées souvent « mesures correctives secondaires ».
• Délivrance des certificats. Lorsque les mesures correctives principales ont été prises à la satisfaction du certificateur, l’opérateur reçoit un certificat de gestion forestière. Ces certificats sont normalement valables pour plusieurs années.
• Vérification. Pour estimer la conformité avec la norme au cours de la période de validité du certificat et pour garantir que toute mesure corrective secondaire spécifiée a été mise en œuvre, la plupart des programmes de certification exigent une vérification annuelle, qui pourrait comprendre des inspections par le certificateur et aboutir à de nouvelles recommandations pour les mesures correctives. Dans le cas de non-conformité avec les exigences, la certification pourrait être interrompue.
• Renouvellement. Pour renouveler la  certification au moment de son expiration, une nouvelle vérification est conduite.

La certification de traçabilité garantit que le bois, les fibres de bois ou les produits forestiers non ligneux compris dans un élément ou une ligne de produits proviennent de forêts certifiées. Elle permet aux entreprises d’étiqueter leurs produits, ce qui permet aux consommateurs d’identifier et de choisir les produits qui promeuvent la gestion responsable des forêts. Dans le système PEFC, la certification de traçabilité est comprise dans le certificat de gestion des forêts ; dans le système FSC, les deux types de certificats ont des normes distinctes mais peuvent être combinés en un certificat unifié, le cas échéant (lorsqu’un opérateur est intégré verticalement, par exemple). 

Il existe deux mécanismes pour déceler l’origine des produits forestiers. L’un prévoit la séparation nette entre les matières brutes certifiées et non certifiées pendant toutes les étapes du processus de production. L’autre établit que les certificateurs autorisent le mélange des matières brutes certifiées et non certifiées ou des matériaux forestiers récupérés suivant des procédures contrôlées pour éviter l’incorporation de matériel provenant de récoltes illicites. La certification de traçabilité peut être obtenue par une entreprise individuelle, un groupe d’opérations composé de plusieurs petites entreprises, et de grandes compagnies opérant dans de multiples endroits. Pour qu’un produit soit qualifié comme admissible à la certification de traçabilité, tous les organismes œuvrant le long de la chaîne d’approvisionnement doivent posséder un certificat.  Toutes les procédures de certification de traçabilité exigent des systèmes communs de contrôle et de notification administrés et surveillés centralement, qui permettent aux certificateurs d’évaluer les opérations participantes ou les lieux où sont appliquées des techniques d’échantillonnage. 

Étant donné que les certificateurs sont tenus de faire des vérifications annuelles et de préparer la documentation indépendamment de l’envergure de l’opération, les coûts relatifs à la certification pour les petites et moyennes entreprises (PME), notamment les opérations traditionnelles ou communautaires, pourraient excéder les avantages. En outre, les grandes entreprises bénéficient normalement d’un avantage compétitif par rapport aux PME dans les marchés où la certification peut être obligatoire pour participer, sans compter les obstacles que doivent surmonter les PME en certifiant leurs opérations. Afin de rendre la certification abordable pour les petits propriétaires forestiers, quelques certificateurs proposent des procédures simplifiées qui promeuvent l’engagement de groupes locaux plutôt que des groupes d’intérêts nationaux. On peut également certifier plusieurs petites opérations groupées (« certification conjointe de la gestion des forêts ») ce qui permet de réduire considérablement les coûts. Néanmoins, de nombreux petits opérateurs comptent sur les organisations publiques et privées pour prendre en charge certains des coûts inhérents au processus de certification et à adhérer aux normes relatives. 

La certification de la gestion des forêts s’applique à l’ensemble du système de gestion forestière d’un opérateur. C’est pourquoi, tous les produits et services fournis dans une zone de gestion forestière certifiée peuvent porter le label du certificateur, y compris les produits forestiers non ligneux. Certaines initiatives nationales ont élaboré des normes spéciales pour les produits forestiers non ligneux et quelques-unes d’entre elles ont été approuvées par le FSC et le PEFC.