生态农业自上世纪30年代起成为一门学科，最初主要以农田和地块规模，注重生态系统要素与农业要素之间的生物互动。从这个视角，把农场视为生态系统，由生态力量推动，发展了新的管理方法，要不然不会考虑。通过恢复自然平衡对虫害进行管理的生物方式，就是一个重要实例。

随着生态领域的发展，生态农业也扩大了范围，使生态原则在超出大田范围、把景观和社区包括在内的农业生态系统的设计和管理方面发挥作用。生态农业越来越多地涵盖被视为生态农业一个支柱的社区社会组织。几十年来，生态农业的采用和推广主要通过农民之间传播以及研究人员支持此种农民创新而实现的。

生态农业作为一门学科并非规定，不提供秘诀或成套技术，而是以基本生态农业原则在当地的应用为基础。粮农组织的生态农业框架以下述要素为基础：多样性, 知识共创和分享, 协同作用, 效 率, 循环利用, 抵御力, 人和社会价值观, 文化和饮食传统, 负责任治理, 循环和互助经济。选择管理方法和技术以实现生态农业或向生态农业过渡，始终根据具体地点、具体社会生态条件进行。

生态农业学明确承认自下而上的参与性研究和知识的价值，并促进：（i）弥合正式和非正式创新进程之间的差距。（ii）当地专业知识与科学知识相结合；（iii）承认尊重农民成为知识的主人、共同研究者、创新者。