开始阶段的目的是查明令人关注并根据确定的有害生物风险分析区认为需要进行风险分析的有害生物和传播途径。
有害生物风险分析工作可以由以下活动开始：
在下列情况下可能需要从某种具体的传播途径开始进行新的或经修改的有害生物风险分析：
可能与该种传播途径有关（例如由商品传播）的有害生物名单可以通过官方来源、数据库、科学文献和其它文献或专家磋商会产生。最好是根据专家对于有害生物种类及其分布的判断列出重点顺序。如果查明没有任何潜在的检疫性有害生物有可能通过这一传播途径，有害生物风险分析就到此为止。
在以下情况下可能需要从具体有害生物开始进行新的或经修改的有害生物风险分析：
在下列情况下经常需要从政策方面进行新的或经修改的有害生物风险分析:
应尽可能确切地确定有害生物风险区以确定需要信息的地区。
信息收集是有害生物风险分析所有阶段的一个必要成份。在开始阶段信息收集很重要，以阐明有害生物的特性、其目前分布及其与寄主植物、商品等的联系。由于随着有害生物风险分析的继续而作出必要决定的需要，将收集其它信息。
有害生物风险分析信息可能来自各种来源。提供关于有害生物状况的官方信息是国际植保公约中的一项义务（第VIII.1c条），官方联络点将帮助履行该项义务（第VIII.2条）。
还应当核查对传播渠道、有害生物或政策是否已经在国内或国际上进行了有害生物风险分析。如果已经进行了有害生物风险分析，应当核实其有效性，因为情况可能已经发生了变化。还应调查利用相似传播渠道或有害生物的有害生物风险分析以部分或完全替代新的有害生物风险分析需要的可能性。
在第一阶段结束时，将已经查明起点、有害生物和有关传播渠道及有害生物风险区。有关信息将已经收集，并将已经查明有害生物单独或与某种传播渠道结合而成为植物检疫措施的可能对象。
有害生物风险评估工作大致可分成三个相关的步骤：
在大多数情况下，这些步骤在有害生物风险分析中将按顺序采用。但是不必采用特定顺序。有害生物风险评估的复杂程度需要根据条件在技术上证明是合理的。这个标准能够根据第1号国际植检措施标准与国际贸易有关的植物检疫原则（粮农组织，1995年）中所规定的必要性、最低程度的影响、透明度、等同性、风险分析、控制的风险和无歧视的原则，对具体有害生物风险分析进行评价。
开始时，关于第一阶段查明的有害生物中哪些有害生物需要进行有害生物风险分析可能不清楚。分类过程检查每个有害生物是否符合检疫性有害生物定义中确定的标准。
在评价与一个商品有关的传播渠道时，对于可能与该种传播渠道有关的各种有害生物可能必须进行一些单独的有害生物风险分析。在深入检查之前消除需要考虑的生物的机会是分类过程的一个重要特点。
有害生物分类的一个优点是仅需要较少的信息就可以开展，然而，应当有足够的信息来适当进行分类。
将一种有害生物列为检疫性有害生物的工作包括以下主要成份：
应当明确确定有害生物的特性以确保对独特生物体进行评估以及在评估活动中所使用的生物信息和其它信息与该生物体相关。如果由于尚未充分查明引起特定症状的因素而不可能作到这一点，那么应当已表明产生一致的症状并能传播。
有害生物的分类单位一般为种。采用更高或更低分类级别应当得到良好科学依据的支持。关于低于种的级别，则应当包括表明病毒性的差异、寄主范围或传播媒介关系等因素足以影响植物检疫状况的证据。
当涉及传播媒介时，如果传播媒介与其生物体有联系并且为有害生物传播所需，该传播媒介也可以视为有害生物。
在有害生物风险区的所有地区或确定的部分地区不应当存在有害生物。
如果在有害生物风险分析区存在有害生物但分布不广，应对有害生物进行官方防治或预计在近期内进行官方防治。
应当有证据支持这一结论，即有害生物可能在有害生物风险区定殖或扩散。有害生物风险分析区应具备生态/气候条件，包括适合有害生物定殖和扩散的受保护地区的生态/气候条件，在相关地区, 有害生物风险分析区应当有寄主种(或近亲)、其它寄主和传播媒介。
应当有明显迹象表明有害生物在有害生物风险分析区可能产生不可接受的经济影响（包括环境影响）。
如果已确定该有害生物具有成为检疫性有害生物的可能，有害生物风险分析工作应当继续进行。如果有害生物不符合检疫性有害生物的所有标准，关于该有害生物的有害生物风险分析工作可以停止。当缺乏足够信息时，应当查明不确定性，有害生物风险分析工作应继续进行。
有害生物的传入由进入和定殖组成。评估传入的可能性需要分析有害生物从其原生地到其在有害生物风险分析区定殖的可能有关的每个传播途径。在从具体传播途径（通常是一种输入商品）开始的有害生物风险分析中，对该传播途径进行有害生物进入可能性的评价。还需要调查与其它传播途径有关的有害生物进入的可能性。
关于已为一个具体有害生物开展的风险分析，当没有对特定商品和传播途径进行考虑时，应当考虑所有可能的传播途径的潜力。
对扩散可能性的评估主要根据与进入和定殖考虑相似的生物考虑进行。
有害生物进入的可能性取决于从输出国到目的地的传播途径、有害生物与它们接触的次数和数量。途径数量越大，有害生物进入有害生物风险分析区的可能性越大。
应当注意到记载的有害生物进入新地区的途径。应当评估目前可能不存在的潜在途径。截获的有害生物数据可以证明有害生物与途径的相关性及其在运输或储存过程中生存的能力。
所有有关传播途径都应当考虑。可以主要根据有害生物的地理分布和寄主范围查明传播途径。在国际贸易中转移的植物和植物产品货物是关注的主要传播途径，这种贸易的现行方式将在很大程度上决定哪些传播途径相关。其它传播途径，如其它种类的商品、包装材料、人员、行李、邮件、运输工具和科学材料的交换也应当酌情考虑。还应当评估通过自然手段进入，因为自然扩散可能减少植物检疫措施的效益。
应当估计在原生地有害生物在空间或临时地与传播途径相关的可能性。考虑的因素有：
考虑的因素有：
关于从原产地到最终使用期间对货物采用的针对其它有害生物的现行有害生物管理程序（包括植物检疫程序），应当评价其对该有害生物的效果。应当估计该有害生物在检验期间未被发现或者经其它现行植物检疫程序后仍然生存的可能性。
考虑的因素有：
某些用途（例如种植）比其它用途（例如加工）的传入可能性要高得多。还应当考虑与适宜寄主附近商品的任何生长、加工或处理有关的可能性。
为了估计有害生物定殖的可能性，应当从目前有害生物发生的地区获得可靠生物信息（生命周期、寄主范围、流行病学、生存等）。然后可以将有害生物风险分析区的情况同目前该有害生物发生的地区的情况（并考虑到受保护环境[如温室或暖房]）和用于评估定殖可能性的专家判断进行比较。可以考虑有关可比较有害生物的过去事例。考虑的因素有：
在考虑定殖可能性时，应当注意到临时性有害生物（见第8号国际植检措施标准确定一个地区的有害生物状况）可能不能在有害生物风险分析区定殖（例如由于不适宜的气候条件），但是仍然可能产生不可接受的经济影响（见国际植保公约第VII.3条）。
考虑的因素有：
寄主的分类级别一般为“种”。采用更高或更低分类级别应得到良好科学依据的证明。
应当查明对于有害生物、其寄主、其传播媒介的生长以及它们在气候不利时期生存并完成其生命周期的能力至关重要的环境因素（例如气候、土壤的适宜性、有害生物和寄主竞争）。应当注意到，环境对有害生物、其寄主、其传播媒介可能产生不同影响。在确定在有害生物风险分析区保持原生地这些生物之间的相互作用是有利于还是不利于有害生物时，需要认识到这一点。还应当考虑到在受保护环境，例如在温室定殖的可能性。
可以利用气候模式化系统将已知有害生物分布的气候数据同有害生物风险分析区的气候数法与有害生物原生地的方法是否不同，这可能影响有害生物的定殖能力。
可以考虑使有害生物定殖据进行比较。
应当对寄主作物栽培/生产期间所采用的方法进行比较以确定有害生物风险分析区的方的可能性减少的有害生物风险分析区已经存在的有害生物防治计划或天敌。无法防治的有害生物所带来的风险要比很容易处理的有害生物大得多。还应当考虑是否有（或没有）适宜的根除方法。
这些特性包括：
具有高扩散潜力的有害生物可能也具有高定殖潜力，成功地封锁和/或根除这种有害生物的可能性比较有限。为了估计该有害生物扩散的可能性，应当从目前发生该有害生物的地区获得可靠生物信息。然后可以将有害生物风险分析区的情况同目前发生该有害生物的地区的情况以及用于评估扩散可能性的专家判断进行认真比较。可以考虑关于可比较有害生物的过去实例。考虑的因素有：
利用扩散可能性信息来估计在有害生物风险分析区可以如何迅速地表示有害生物的潜在经济重要性。如果该有害生物很容易进入潜在经济重要性较低地区并在那里定殖以及然后扩散到潜在经济重要性较高地区，这也具有重大意义。此外，在考虑封锁或根除已传入有害生物的可行性的风险管理阶段这可能也很重要。
总的传入可能性应当以最适合数据、用于分析的方法和预期对象的术语来表示，这可能是数量方面或质量方面，因为哪种产出都是数量和质量信息相结合的结果。可以通过对于从有害生物风险分析区获得的关于其它有害生物的信息进行比较来表示传入的可能性。
应当酌情查明有害生物风险分析区中生态因素有利于有害生物定殖的地区以确定受威胁地区。这可以是整个有害生物风险分析区或者其中部分地区。
在这一步骤中所描述的要求说明应当收集哪些与有害生物及其潜在寄主植物有关的信息，并表明可以利用这些信息进行的经济分析水平以评估有害生物的所有影响，即潜在经济影响。应酌情获得数量方面数据，这些数据将提供货币价值。还可以利用质量方面数据。征求一位经济学家的意见可能是有作用的。
在许多情况下，如果有足够证据或者普遍认为有害生物的传入将产生不可接受的经济影响(包括环境影响)，不必对估计的经济影响进行详细分析。在这种情况下，风险评估主要侧重传入和扩散的可能性。然而当对经济影响水平有疑问时或者当需要经济影响水平来评价用于风险管理的措施和力度或评估排除或防治有害生物的经济效益时，必须更加详细地检查经济因素。
为了估计有害生物的潜在经济影响，应当从发生有害生物的地区（自然发生或传入）获得信息。应将这种信息同有害生物风险分析区的情况进行比较。可以认真考虑可比较有害生物的实例情况。考虑的影响可能是直接的，也可能是间接的。
为了查明和鉴定有害生物对于有害生物风险分析区每个潜在寄主的直接影响或者对特定寄主的影响，以下例子可以考虑：
关于哪种潜在寄主，应根据上述成份估计可能受威胁的作物总面积和地区。
为了查明和鉴定有害生物风险分析区有害生物的间接影响或非特定寄主的影响，以下例子可以考虑：
前面部分的估计数是根据假设情况提出的，即假设有害生物已经传入并将在有害生物风险分析区以其潜在经济影响（每年）充分表示。然而，实际上经济影响按时间表示，可能是一年、若干年或者一个不确定的时期。应对各种方案进行考虑。一年以上时期总的经济影响可以以年经济影响的实际现值表示，并选择一个适当的折扣率来计算实际现值。
其它方案可能与有害生物是在有害生物风险分析区的一个、几个点还是许多点发生相关，潜在经济影响的表现将取决于在有害生物风险分析区传播的速度和方式。可以设想传播速度慢或者快；在某些情况下，可以假设传播得到制止。可以进行适当分析来估计有害生物在有害生物风险分析区传播的时期的潜在经济影响。此外，上述许多因素或影响预计可能随着时间的推移发生变化，从而对潜在经济影响产生影响。将需要专家判断和估计。
正如上面所确定的，有害生物的大多数直接影响和部分间接影响将具有商业性质或者对某个市场产生影响，这些影响可能是积极的，也可能是消极的，应当查明及确定数量。考虑以下因素可能是有作用的：
经与经济学专家磋商后可以采用分析技术来更加详细地分析检疫性有害生物的潜在经济影响。它们应结合已查明的所有影响。这些技术可以包括：
分析技术的采用往往因缺乏数据、数据的不确定性以及关于某些影响只能提供质量信息而有限。
2.3.1.1和2.3.1.2中确定的有害生物的一些直接影响和间接影响将具有经济性质或者影响某种价值，但是没有很容易识别的现有市场。结果，可能没有以确立的产品价格或服务市场来适当衡量影响。这方面的例子特别包括环境影响（如生态稳定性、生物多样性、舒适价值）和社会影响（如就业、旅游）。可以用适当非市场评价方法来估计这些影响。
如果不能对这些影响进行数量上的衡量，可以提供关于这些影响的质量信息。还应当提供关于这些信息如何纳入决定的说明。
在适宜的情况下，在这一步骤中说明的经济影响评估结果应当以货币价值表示。经济影响还可以不使用币值术语，而是从质量方面或者采用数量措施进行表示。应当明确说明信息来源、假设和分析方法。
应酌情查明有害生物风险分析区中有害生物的存在将造成重大经济损失的地区。为确定受威胁地区而需要查明这种地区。
估计有害生物传入的可能性及其经济影响涉及许多不确定性。特别是当这种估计是根据发生有害生物的地区的情况和有害生物风险分析区的假设情况推测时尤其如此。重要的是在评估时记录不确定性领域和不确定性程度，以及表明在某些领域采用了专家判断。这对于透明而言很有必要，并可能有助于查明研究需要及确定重点研究需要。
根据有害生物风险评估结果，可以认为适合对所有或若干分类的有害生物进行有害生物风险分析。对每一种有害生物来说，有害生物风险分析区的全部和部分地区可能确定为受威胁地区。关于有害生物传入可能性的数量或质量上的估计以及相应的经济影响（包括环境影响）的数量或质量上的估计已经获得并作了记录，或者可能已经给予一个总的分数。这些估计数以及有关不确定性在有害生物风险分析的有害生物风险管理阶段得到利用。
有害生物风险评估的结论应用于确定是否需要进行风险管理以及采用的措施的力度。由于零风险并非适当选择方案，风险管理指导原则应当是对风险进行管理以便实现要求的安全程度，这种安全程度应当合理，并且在现有选择方案和资源范围内可行。有害生物风险管理(从分析意义上)是查明方法以便对发生的风险作出反应、评价这些行动的效率和查明最适宜选择方案的过程。在选择有害生物管理方案时还应当考虑和包括评估经济影响和传入可能性时注意到的不确定性。
“风险管理”原则（第1号国际植检措施标准与国际贸易有关的植物检疫原则）指出：“由于检疫性有害生物的某种传入风险始终存在，各国在制定植物检疫措施时应同意采用风险管理政策”。在执行这一原则时，各国应当确定什么样的风险水平可以接受。
可接受的风险水平可以有许多方式表示，例如：
关于有害生物风险管理过程的决定将根据在有害生物风险分析前几个阶段所收集的信息作出。这些信息将包括：
总的风险是根据审议传入可能性和经济影响评估结果来确定的。如果发现风险不可接受，那么风险管理的第一步是确定将使风险降至可接受水平或低于可接受水平的可能的植物检疫措施。如果风险已经可接受或者由于无法管理（例如自然扩散）而必须接受，没有理由采取措施。各国可以决定保持低水平的监测或审计以确保查明将来有害生物风险变化。
应当根据减少有害生物传入可能性方面的效果来选择适当措施。可以根据以下考虑来选择，以下考虑包括与国际贸易有关的植物检疫原则（第1号国际植检措施标准）中的若干原则：
植物有害生物传入的主要风险是输入的植物和植物产品货物，但是（尤其是对某种有害生物进行有害生物风险分析）必须考虑其它传播途径传入的风险（例如包装材料、运输、旅行者及其行李、有害生物的自然扩散）。
下面所列的措施是最普遍地应用于贸易商品的一些措施。它们应用于传播途径，通常是某个原生地的有害生物的货物。关于货物种类（寄主、植物器官）和原生地，措施应当尽可能确切，以便不会通过限制产品输入（在没有理由限制产品输入的地区）成为贸易壁垒。为了将风险降至可接受的水平，可能需要两项或两项以上的措施的结合。可以根据原产国有害生物传播途径状况对现有措施进行分类。它们包括：
在有害生物风险分析区（对商品使用的限制）、防治措施、采用生物防治物、根除和封锁方面，可能出现其它选择方案。还应当对这种选择方案进行评价，特别是如果在有害生物风险分析区有害生物已经存在但分布不广，将采用这种选择方案。
措施可以包括以下措施的任何组合：
还可以采取措施来限制输入藏带有害生物的货物。
措施可能包括：
措施可以包括：
关于许多传播途径种类，还可以采用上面考虑的关于植物和植物产品的措施以检查货物中的有害生物或防止货物受污染。关于某些传播途径种类，应当考虑以下因素：
在输入国内应用的某些措施也可以采用。这些措施可能包括进行认真解释以尽早发现有害生物的进入、消灭任何疫源的根除计划和/或限制扩散的封锁行动。
如果没有找到满意的措施将风险降至可接受的水平，最后方案可能是禁止输入有关商品。这种方法应当作为最后手段，并应当根据预计的效率加以考虑，尤其是在非法输入的积极性可能很大的情况下。
风险管理包括考虑适当遵守措施。其中最重要的就是出口验证（见第7号国际植检措施标准出口验证制度）。植检证书的颁发（见国际植检措施标准草案植物检疫证书准则）提供官方保证，即货物“据认为没有进口缔约方固定的那些检疫性有害生物以及符合进口缔约方现行植检要求”。它从而证实表明的风险管理方案已得到执行。可能需要附加声明来表明某项特别措施已经执行。可以根据双边或多边协定采用其它遵守措施。
有害生物风险管理程序的结果将是未确定任何被认为合适的措施，或者选择已发现将有害生物所带来的风险降至可接受水平的一个或几个管理方案。这些管理方案成为植物检疫法规或要求的基础。
对于《国际植保公约》缔约方而言, 须根据某些义务来应用和保持这些法规。
“修改”原则指出：“由于条件变化及新情况的出现，应及时对植检措施进行修改，要么通过列入这些措施取得成功所必需的限制或要求，要么删除那些不必要的措施”（第1号国际植检措施标准与国际贸易有关的植物检疫原则）。
因此，执行特定植检措施不应当视为长期活动。在应用之后，这些措施能否成功地实现其目标应当通过在使用期间进行监测来确定。这往往通过在商品抵达时进行检验来实现，注意到任何截获或有害生物进入有害生物风险分析区。对于支持有害生物风险分析的信息应当定期审查以确保新出现的任何信息不会使已经作出的决定失去作用。
《国际植保公约》和“透明度”原则（第1号国际植检措施标准与国际贸易有关的植物检疫原则）要求，各国根据提出要求应当为植检要求提供理论基础。应当充分记录从开始到有害生物风险管理的整个过程，以便当进行审议或出现争端时，可以清楚地表明在作出管理决定时所使用的信息来源和理论基础。
文件的主要成份有：
国际植物检疫措施标准（ISPM）
《国际植物保护公约》新修订本，1997年，粮农组织，罗马。
ISPM第1号出版物：《与国际贸易有关的植物检疫原则》，1995年，粮农组织, 罗马
ISPM第2号出版物：《有害生物风险分析准则》，1996年，粮农组织，罗马
ISPM第3号出版物：《外来生物防治物的输入和释放行为准则》，1996年，粮农组织，罗马
ISPM第4号出版物：《建立非疫区的要求》，1996年，粮农组织，罗马
ISPM第5号出版物：《植物检疫术语表》，1999年，粮农组织，罗马
术语表补编1号：《关于限定有害生物官方防治概念的解释和应用准则》，2001年，粮农组织，罗马
ISPM第6号出版物：《监测准则》，1997年，粮农组织，罗马
ISPM第7号出版物：《出口验证系统》，1997年，粮农组织，罗马
ISPM第8号出版物：《某一地区有害生物状况的确定》，1998年，粮农组织，罗马
ISPM第9号出版物：《有害生物根除计划准则》，1998年，粮农组织，罗马
ISPM第10号出版物：《建立非疫产地和非疫生产点的准则》，1999年，粮农组织，罗马
ISPM第11号出版物：《检疫性有害生物风险分析》，2001年，粮农组织，罗马
ISPM第12号出版物：《植物检疫证书准则》，2001年，粮农组织，罗马
ISPM第13号出版物：《违规和紧急行动通知准则》，2001年，粮农组织，罗马
