Durant la réalisation des enquêtes KIVUSTAT, un certain nombre de difficultés ont été signalées par les enquêteurs.
le mauvais temps gène le bon déroulement des suivis;
difficulté de suivre correctement les acheteurs qui viennent le plus souvent en grand nombre, à cause de l'encombrement autour des caisses de poissons;
difficulté de connaître les prix exacts par suite de la discrétion totale des commerçants;
difficulté de connaître le nombre de détaillantes et de grossistes au Zaïre à cause de leur association interne très complexe;
difficulté de connaître le nombre d'unités rwandaises débarquant au Zaïre avec des pirogues motorisées et qui s'associent entre elles pour le transport;
difficulté de connaître la quantité de poissons consommée par les pêcheurs eux-mêmes; et
difficulté d'estimer les contenances des divers récipients utilisés comme unités de mesure.
De fait et en raison des efforts continus déployés, les données statistiques fournies par KIVUSTAT ont été utilisées avec un taux de réussite de d'environ 93%.