Les études expérimentales auxquelles ont été soumis des organismes aquatiques ont démontré qu'au bout de quelques générations la sélection peut modifier les caractères moyens du cycle vital des populations. En ce qui concerne les populations naturelles, la pêche est une cause majeure de mortalité, sans caractère aléatoire à l'égard de l'âge et de la taille des individus. Il arrive souvent que les changements observés des caractères du cycle vital des populations exploitées aillent dans la direction prédite par les expériences de sélection et par la théorie. Chez les téléostéens, l'une des observations les plus communes a été la diminution de l'âge et/ou de la taille à maturité sexuelle (les exemples cités n'étant pas d'ailleurs exhaustifs). Etant donné que la maturation sexuelle est sous une double dépendance génétique et environnementale, l'impact génétique de la pêche a été difficile à évaluer. Dans les premiers travaux consacrés aux pêcheries qui signalaient l'évolution des caractéristiques du cycle vital, il n'a pas été tenu compte des concepts génétiques et les modèles à l'équilibre de gestion des pêches, qui reposent sur une base écologique et sont dominés par des effets compensatoires, ont laissé de côté la composante génétique de la pêche. Il a fallu attendre le début des années 80 et les travaux détaillés et approfondis de Ricker (1980, 1981, 1982) et de Beacham (1983a, 1983b, 1983c) pour se rendre compte que la sélection génétique constitue un problème potentiel en cas de surexploitation. Tous les exemples de sélection ont porté sur des stocks surexploités. A l'avenir, un contrôle plus rigoureux dans le cadre de la gestion des stocks pourrait contribuer à réduire l'impact génétique probable de la pêche.
S'il y a une incertitude quant à la sélection dans le sens d'une réduction de l'âge/taille à la maturité chez certaines espèces, on a en revanche des preuves que la sélection vient d'une sélection de la taille chez le saumon argenté (Gross 1985, 1991) et des modifications de taille à long terme chez le saumon du Pacifique semelpare (Ricker 1980, 1981). Une réduction de la diversité génétique chez l'hoplosthète orange a été observée dans des stocks vierges pêchés au-delà de la production maximum équilibrée.
Dans aucune des pêcheries faisant apparaître une réponse génétique à l'exploitation il n'a été mis totalement fin à la pêche pour vérifier si l'on peut ramener à leur état antérieur les caractères originels du cycle vital. Il n'y a que chez l'anchois Engraulis capensis que l'on ait observé un accroissement de longueur à la maturité à 50 % à la suite d'une augmentation de la biomasse due au recrutement, et il s'agissait vraisemblablement d'une régulation compensatoire (Shelton et Armstrong 1983).
La dérive génétique affecte les populations de faible taille et certaines espèces d'eau douce rares et menacées présentent de faibles niveaux de diversité génétique. Rien n'indique qu'il y ait perte de diversité pour cause de dérive chez les populations marines, encore que la plupart des populations n'aient pas été réduites à des niveaux proches de l'extinction. Les populations de bivalves marins dont la taille a été sévèrement réduite n'ont pas fait l'objet d'études de la diversité génétique. Rien ne prouve que les stocks effondrés aient subi une perte de diversité génétique, encore que les éléments de preuve se bornent à une comparaison de données d'électrophorèse recueillies après l'effondrement. Même si les stocks se sont effondrés au sens commercial du terme, la plupart ont maintenu des tailles de population importantes et il n'y a donc pas lieu de s'attendre à une perte de diversité génétique due à la dérive.
Le recours de plus en plus fréquent aux techniques de repeuplement pour reconstituer les stocks épuisés pourrait avoir un impact génétique sur les ressources côtières. Des erreurs dans le choix des reproducteurs et une perte de diversité chez les reproducteurs d'écloserie pourraient modifier la composition génétique de la population naturelle.
Les recommandations ci-après peuvent être rangées en trois catégories:
