Action génétique additive - Type d'action génétique où chacun des deux allèles contribue de la même façon à la production de phénotypes qualitatifs et qu'aucun d'eux n'est donc dominant. Le génotype hétérozygote engendre un phénotype intermédiaire entre ceux qui sont produits par les génotypes homozygotes.
Action génétique en dominance - Type d'action génétique où un allèle l'emporte sur l'autre. Il existe deux cas possibles : l'action génétique en dominance complète et l'action génétique en dominance incomplète.
Action génétique en dominance complète - Type d'action génétique où l'un des allèles (l'allèle dominant) l'emporte sur l'autre (l'allèle récessif) dans la production de phénotypes qualitatifs. Un gène qui présente une dominance complète produit deux phénotypes qualitatifs : un phénotype dominant et un phénotype récessif. L'allèle dominant engendre toujours le phénotype dominant et empêche l'expression phénotypique de l'allèle récessif au stade hétérozygote; en conséquence, les génotypes homozygote dominant et hétérozygote engendrent l'un et l'autre un phénotype dominant. Le phénotype récessif apparaît seulement chez les poissons homozygotes récessifs.
Action génétique en dominance incomplète - Type d'action génétique où l'un des allèles l'emporte sur l'autre lors de la production de phénotypes qualitatifs, sans toutefois que l'allèle dominant éclipse totalement l'allèle récessif au stade hétérozygote. Il faut deux copies de l'allèle dominant pour produire le phénotype dominant. Comme l'allèle récessif peut remplir sa fonction au stade hétérozygote, ce génotype engendre un phénotype (le phénotype hétérozygote) qui diffère peu du phénotype dominant. L'allèle récessif produit un troisième phénotype (le phénotype récessif) lorsque le poisson est homozygote récessif.
Allèle - L'une des formes d'un gène.
Allèle dominant - Allèle qui l'emporte sur l'allèle associé. Lorsque l'action génétique s'effectue en dominance complète, l'allèle dominant éclipse totalement l'allèle récessif au stade hétérozygote, alors qu'il ne l'éclipse que partiellement lorsque l'action génétique se manifeste selon un mode de dominance incomplète.
Allèle mutant - Allèle résultant d'une réplication incorrecte d'une partie d'un chromosome pendant la méiose.
Allèle récessif - Allèle dont le phénotype s'exprime uniquement lorsqu'un individu en possède deux copies (homozygote récessif).
Autosome - Chromosome non sexuel. Les autosomes sont les paires de chromosomes qui sont identiques chez les mâles et les femelles.
A sexe inversé - Poisson dont le sexe phénotypique et le sexe génétique diffèrent. On obtient des poissons à sexe inversé en faisant absorber des hormones sexuelles à des alevins sexuellement indifférenciés. On peut employer cette technique pour obtenir des populations unisexuées.
Caractère - Synonyme de phénotype. Voir phénotype.
Chromosome - Structure sur laquelle sont situés les gènes. Les chromosomes se trouvent dans le noyau de chaque cellule et, chez la plupart des espèces, sont associés par paires. Il existe deux sortes de chromosomes : les autosomes et les chromosomes sexuels (hétérochromosomes).
Chromosome sexuel - Chromosome qui détermine le sexe. Bien qu'il puisse exister des différences morphologiques entre les chromosomes sexuels des mâles et des femelles, on ne note aucune différence morphologique notable chez la plupart des espèces ichtyques.
Cohorte - Sous-population. Lorsqu'une population est divisée en plusieurs groupes en fonction de la date de frai, on dit qu'elle est divisée en cohortes d'âge.
Croisement - Programme d'amélioration consistant à croiser des poissons de différentes populations ou espèces afin d'obtenir des hybrides. Le croisement permet d'exploiter la variance génétique de dominance. Dans certains cas, on peut l'utiliser pour produire des populations unisexuées (dans le cas du tilapia, par exemple) ou stériles (dans le cas des poissons-appâts, par exemple). Les termes “croisement” et “hybridation” sont synonymes.
Cryopréservation - Congélation et conservation des gamètes (généralement du sperme) en vue d'un usage ultérieur.
Dépression consanguine - Régression du taux de croissance, de la fécondité, etc. et progression du nombre de poissons difformes ou aberrants observées lorsque la consanguinité atteint certains niveaux.
Différentiel de sélection - Ecart entre la moyenne relative aux géniteurs sélectionnés et la moyenne relative à la population dont ils sont issus.
Dimorphisme sexuel - Associé à d'importantes différences phénotypiques entre les sexes. Ces différences peuvent être qualitatives (présence ou absence de phénotypes tels que la couleur ou les tubercules de reproduction) ou quantitatives (les poissons d'un des sexes se développant plus vite ou ayant une taille supérieure). Si le dimorphisme sexuel se manifeste au plan de la taille corporelle, la sélection portant sur le taux de croissance doit être alors menée indépendamment chez les mâles et les femelles.
Diploïde (2n) - Poisson ou cellule où les chromosomes sont associés par paires. Bien qu'il existe à l'état naturel des espèces triploïdes (3n) et tétraploïdes (4n), tous les poissons sont considérés comme diploïdes dans le présent manuel.
Disjonction indépendante - Ségrégation des homologues de chaque paire de chromosomes (et des gènes qui s'y trouvent) dans les spermatocytes de deuxième ordre ou dans l'oocyte de deuxième ordre et le premier globule polaire. La ségrégation de chaque paire de chromosomes est un processus indépendant de celui qui intervient dans toutes les autres paires de chromosomes. Ce processus a pour effet de supprimer la totalité de la variance génétique en dominance et la plus grande partie de la variance génétique épistatique.
Division équationnelle - Division des homologues répliqués présents dans les gamétocytes de deuxième ordre au sein des gamètes. C'est la dernière étape de la méiose.
Division réductionnelle - Séparation (ségrégation) des homologues de chaque paire chromosomique survenant lors de la méiose, et plus précisément pendant la formation des spermatocytes ou de l'oocyte de deuxième ordre et du premier globule polaire. Cette phase de la méiose a pour effet de supprimer la totalité de la variance génétique en dominance complète et la plus grande partie de la variance génétique épistatique.
Domestication - Processus de sélection par le biais duquel l'exploitation d'environnement cultural et le programme de gestion) et l'exploitant modifient les caractéristiques génétiques et phénotypiques d'une population. Ce processus, qui n'est ni planifié ni dirigé, permet généralement d'obtenir des animaux qui, par rapport à la situation d'origine, se développent plus rapidement et sont en meilleure santé, plus calmes, moins agressifs et, par conséquent, plus faciles à élever.
Ecart-type - Racine carrée de la variance. L'écart-type renseigne sur la façon dont les valeurs phénotypiques sont distribuées par rapport à la moyenne. Combiné avec la moyenne, il constitue le moyen le plus approprié de décrire un phénotype quantitatif.
Elevage en consanguinité - Fécondation entre poissons apparentés (on parle aussi d'autofécondation).
Enjambement chromosomique - Echange de sections de chromosomes (et donc de gènes) pendant la méiose. Ce phénomène se produit lors de la formation de tétrades.
Epistasie -Type d'action génétique où un gène élimine ou modifie les phénotypes qualitatifs produits par un second gène. Cette interaction donne généralement lieu à l'expression de nouveaux phénotypes qualitatifs.
F1, F2, etc. - Noms des générations qui sont produites pendant un programme d'amélioration génétique. La génération F1 est la première génération de géniteurs sélectionnés à partir de la génération P1; les poissons sélectionnés de la génération F1 sont les descendants de la génération initiale (F,) de géniteurs sélectionnés. La génération F2 (deuxième cycle de sélection) est la descendance de la génération F1, etc.
Facteur d'importance - Valeur obtenue en divisant la moyenne phénotypique par l'importance relative du phénotype. On utilise les facteurs d'importance pour élaborer un indice de sélection modifié et déterminer ainsi la valeur I (ou valeur génétique) correspondant à une espèce de poisson donnée lorsqu'on exécute un programme d'élevage sélectif portant sur deux ou plusieurs phénotypes quantitatifs.
Famille - Groupe de poissons ayant même mère et même père.
Fixer - Porter la fréquence à 100 %. Tout programme d'élevage sélectif concernant des phénotypes qualitatifs a pour but de fixer lé phénotype souhaité en fixant l'allèle qui le produit. Cela permet d'obtenir une population génétiquement pure.
Frères-soeurs - Poissons qui sont frères et soeurs. Les poissons qui ont la même mère et le même père sont dits “pleins-frères” ou “pleines-soeurs”, alors que ceux qui ont seulement la même mère ou seulement le même père sont dits “demi-frères” ou “demi-soeurs”.
Gamète - Ovule ou spermatozoïde. Les gamètes sont haploïdes (n).
Gamétogénèse - Processus de formation des gamètes. On appelle “méiose” la phase de la gamétogénèse correspondant à la réduction du complément chromosomique du stade diploïde (2n) au stade haploïde (n).
Gène - Unité élémentaire de la transmission héréditaire. Les gènes, qui sont situés sur les chromosomes, contiennent les plans d'exécution qui déterminent la production des phénotypes.
Gène autosomique - Gène situé sur un autosome, c'est-à-dire sur un chromosome non sexuel.
Gène lié au sexe - Gène situé sur un chromosome sexuel. Ces gènes sont transmis héréditairement et s'expriment différemment chez les mâles et les femelles.
Génération - Période de temps nécessaire au remplacement des géniteurs par leur descendance. Dans la nature, c'est le temps que met un poisson pour atteindre la maturité sexuelle et frayer. En aquiculture, cette période de temps peut être allongée ou réduite, soit en gardant plus longtemps les géniteurs avant de les remplacer, soit en faisant en sorte que la descendance arrive plus tôt à maturité au moyen de techniques piscicoles appropriées. Les progrès enregistrés du point de vue des gains annuels sont en partie fonction de l'intervalle entre générations.
Génétiquement pure - Caractérise une population susceptible de produire un seul phénotype qualitatif, du fait de la présence d'un seul allèle au locus en question. Pour ce qui est des phénotypes qualitatifs, les programmes d'élevage sélectif ont pour objectif de produire des populations génétiquement pures.
Génome - Structure génétique globale d'un poisson.
Génotype - Structure génétique d'un poisson au locus ou aux loci contrôlant un phénotype donné. Un poisson est homozygote ou hétérozygote en chacun des loci.
Haploïde (n) - Poisson ou cellule contenant seulement l'un des chromosomes de chaque paire chromosomique. Les gamètes sont haploïdes. Quoique des poissons haploïdes ne puissent survivre, on est parvenu à en créer par manipulation chromosomique.
Héritabilité (h2) - Part de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif exprimé dans un milieu donné qui est due à l'action génétique additive (h2 = VA/VP). L'héritabilité correspond à la fraction de la variance phénotypique qui est héritable. Les phénotypes dont l'héritabilité est supérieure à 0,25 peuvent être efficacement améliorés par une sélection individuelle; ceux dont l'héritabilité est inférieure à 0,15 sont difficiles à améliorer par cette méthode, et l'on a habituellement recours à la sélection familiale. Une héritabilité supérieure ou égale à 0,3 est considérée comme forte.
Héritable - Transmissible d'un parent à sa descendance.
Hétérozygote - Génotype correspondant à une situation où les deux allèles situés en un locus ne sont pas identiques; ou poisson doté d'une paire d'alléles non identiques en chaque locus.
Homologues - Deux chromosomes associés pour former une paire. L'un des homologues provient du père et l'autre, de la mère.
Homozygote - Génotype correspondant à une situation où les deux allèles situés en un locus sont identiques; ou poisson doté d'une paire d'allèles identiques en chaque locus.
Hybridation - Synonyme de croisement. Voir croisement.
Locus (loci au pl.) - Emplacement d'un gène sur un chromosome. Les termes “gène” et “locus” sont souvent utilisés de façon interchangeable, et ils sont considérés comme synonymes dans le présent manuel.
Manipulation chromosomique - Manipulation biotechnique des oeufs, du sperme ou des zygotes par le biais de chocs de température ou de pression ou encore au moyen de produits chimiques, soit pour modifier le nombre de chromosomes, soit pour créer des poissons ayant un parent unique. On utilise cette technique pour obtenir des poissons triploïdes (3n), tétraploïdes (4n) ou qui n'ont qu'une mère (gynogènes) ou un père (androgènes). On crée des triploïdes pour obtenir une population de poissons stériles.
Méiose - Processus de réduction du complément diploïde (2n) des chromosomes au stade haploïde (n) durant la gamétogénèse. Les mutations héritables, l'enjambement chromosomique et la dispersion indépendante se produisent pendant la méiose.
Méthode de l'indice de sélection - Programme d'élevage sélectif servant à sélectionner simultanément deux ou plusieurs phénotypes quantitatifs. La méthode de l'indice de sélection assigne à chaque poisson une valeur numérique (I) fondée sur les valeurs phénotypiques individuelles par rapport aux moyennes relatives à la population et sur le degré d'importance des différents phénotypes. Une fois qu'une valeur numérique globale a été assignée à chaque poisson, les poissons sont classés et la sélection s'effectue sur la seule base de ces valeurs.
Moyenne - Moyenne arithmétique.
Mutation - Erreur qui se produit au cours de la réplication chromosomique. En cas de mutation, le gène est incorrectement répliqué sur le nouveau chromosome. Ce nouvel allèle peut engendrer un phénotype différent (mutant). Beaucoup d'allèles mutants produisent des phénotypes non viables ou peu viables. Le taux de mutation relatif à chaque gène est très faible.
P1 - Génération parentale. Les géniteurs sélectionnés de la génération F, proviennent de cette génération.
Phénotype - Expression physique du génotype d'un poisson. Il existe deux sortes de phénotypes : les phénotypes qualitatifs, que l'on décrit, et les phénotypes quantitatifs, que l'on mesure. Les termes “phénotype” et “caractère” sont utilisés de façon interchangeable.
Phénotype autosomique - Phénotype qualitatif produit par un gène autosomique. Les phénotypes autosomiques se manifestent de la même façon chez les mâles et les femelles, à moins que l'expression phénotypique ne nécessite une hormone sexuelle.
Phénotype commun - Phénotype qualitatif normal. Il s'agit du phénotype dont sont dotés la plupart des individus. On parle aussi de phénotype “de type sauvage”.
Phénotype de type sauvage - Synonyme de phénotype commun. Voir phénotype commun.
Phénotype dominant - Phénotype qualitatif produit par l'allèle dominant.
Phénotype hétérozygote - Phénotype qualitatif produit par un génotype hétérozygote. Pour qu'un phénotype hétérozygote puisse être produit, il faut que l'action génétique soit additive ou en mode de dominance complète.
Phénotype homozygote - Phénotype qualitatif produit par un génotype homozygote. Lorsque le mode d'action génétique consiste dans la dominance complète, le phénotype récessif est le phénotype homozygote. Lorsque ce mode d'action consiste dans la dominance incomplète ou l'action additive, on obtient deux phénotypes homozygotes.
Phénotype lié au sexe - Phénotype qualitatif produit par un gène lié au sexe.
Phénotype mutant - Phénotype qualitatif produit par un allèle mutant; phénotype qualitatif différent du phénotype normal ou ordinaire.
Phénotypes qualitatifs - Phénotypes que l'on peut décrire, comme la couleur, la livrée ou le sexe.
Phénotypes quantitatifs - Phénotypes que l'on peut mesurer, comme le poids, la longueur, le nombre d'oeufs par kg de femelle ou le rendement de carcasse.
Phénotype récessif - Phénotype qualitatif produit par un allèle récessif.
Pléiotropie - Effets secondaires qui se manifestent lorsque le poisson présente un phénotype qualitatif particulier. Bon nombre d'allèles qui régissent l'expression de phénotypes qualitatifs peuvent aussi influer sur des caractères tels que le taux de croissance ou de survie. Lorsqu'il y a modification des taux de croissance et de survie, les effets pléiotropiques ont souvent une plus grande importance économique que le phénotype (couleur ou disposition des écailles) lui-même.
Poisson testeur - Poisson dont le génotype est connu. On croise des poissons testeurs avec des poissons dont on cherche à déchiffrer le génotype lors des tests de descendance. Les poissons testeurs sont généralement homozygote récessifs.
Population - Dans une exploitation piscicole, groupe de poissons ayant des caractéristiques communes.
Population sélectionnée - Population créée par sélection.
Population témoin - Population de poissons non soumise à la sélection. On la compare à la population qui a fait l'objet d'une sélection pour quantifier les résultats obtenus.
Population unisexuée - Population composée uniquement de mâles ou de femelles.
Réforme - Elimination des poissons d'une population par sélection. On empêche les poissons réformés de frayer.
Réforme indépendante - Programme d'élevage sélectif servant à sélectionner simultanément deux ou plusieurs phénotypes quantitatifs. On établit des valeurs limites pour tous les phénotypes et on ne garde que les poissons présentant des caractéristiques égales ou supérieures ces différentes valeurs.
Réforme indépendante modifiée - Variante de la réforme indépendante. Dans ce type de réforme, on garde les poissons qui s'avèrent supérieurs pour ce qui est d'un caractère donné, même si la valeur correspondant à un autre phénotype est inférieure à la valeur limite.
Sélection - Programme d'élevage sélectif où l'on ne garde que les individus ou les familles qui satisfont à des critères phénotypiques déterminés au préalable pour ce qui est des phénotypes quantitatifs ou encore les individus qui présentent le phénotype qualitatif souhaité. Les poissons qui ne satisfont pas à ces critères sont réformés.
Sélection en tandem - Programme d'élevage sélectif servant à améliorer deux ou plusieurs phénotypes quantitatifs. Dans un premier stade, on opère une sélection portant sur un seul des phénotypes pendant plusieurs générations, puis on interrompt cette sélection initiale et on met en train une nouvelle sélection concernant le deuxième phénotype.
Sélection familiale - Programme d'élevage sélectif portant sur des phénotypes quantitatifs, où la sélection s'effectue à l'échelon familial, et non pas individuel. Cette sélection est fondée sur des moyennes familiales plutôt que sur des valeurs individuelles. Il existe deux sortes de sélection familiale : la sélection interfamiliale et la sélection intrafamiliale.
Sélection indirecte - Programme d'amélioration génétique qui permet d'améliorer un phénotype en en sélectionnant un autre. Cela découle du fait que les deux phénotypes sont liés par une corrélation génétique positive.
Sélection individuelle - Programme d'élevage sélectif concernant des phénotypes quantitatifs, où la sélection est fondée sur les qualités individuelles. On garde les individus dont la valeur phénotypique est supérieure ou égale à la valeur limite et l'on réforme les autres. On ne tient aucun compte des relations familiales. La sélection individuelle est aussi appelée “sélection massale”.
Sélection interfamiliale - Programme d'élevage sélectif portant sur des phénotypes quantitatifs et où la sélection s'effectue à l'échelon familial plutôt qu'au niveau individuel. Dans ce type de programme, on réforme ou l'on épargne des familles entières en se fondant sur les moyennes familiales.
Sélection intrafamiliale - Programme d'élevage sélectif relatif à des phénotypes quantitatifs où la sélection s'effectue à l'échelon familial plutôt qu'individuel. Dans ce type de sélection, chaque famille est considérée comme une sous-population et la sélection s'effectue de façon indépendante au sein de chaque famille.
Sélection massale - Synonyme de sélection individuelle. Voir sélection individuelle.
Testage de la descendance - Programme d'amélioration génétique servant à déchiffrer le génotype d'un poisson par examen des phénotypes de sa descendance.
Tétrade - Ensemble formé par quatre chromosomes. Les tétrades se forment lorsque les homologues de chaque paire de chromosome se divisent avant de se regrouper par paires dans les premiers stades de la méiose.
Triploïde - Poisson ou cellule où il existe trois exemplaires de chaque chromosome (les cellules contiennent trois ensembles de chromosomes). La formation de triploîdes résulte habituellement de chocs thermiques ou par application de pression. On a recours à ce type de programme d'amélioration génétique pour obtenir des poissons stériles.
Valeur limite - Valeur phénotypique minimale acceptable lors de la sélection d'un phénotype quantitatif. On conserve les poissons qui atteignent ou dépassent cette valeur limite et l'on réforme les autres.
Variance - Moyenne des carrés des écarts des valeurs phénotypiques par rapport à la moyenne. La variance renseigne sur la façon dont les phénotypes sont distribués par rapport à la moyenne. L'écart-type est la racine carrée de la variance.
Variance d'environnement (VE) - Part de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est imputable à des facteurs du milieu (date de frai, âge de la mère, température, etc.)
Variance d'intéraction des facteurs génétiques et de l'environnement (VG.E) - Part de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est due aux interactions des gènes-des poissons et de l'environnement. Cet aspect de la variance est imputable aux variations de l'expression des gènes en fonction du milieu.
Variance génétique (VG) - Part de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est due aux gènes. La variance génétique se subdivise en trois éléments : la variance génétique additive (VA), la variance génétique en dominance (VD) et la variance génétique épistatique (VI).
Variance génétique additive (VA) - Fraction de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est imputable aux effets additifs de l'ensemble des allèles occupant l'ensemble des loci. Il s'agit de l'élément héritable de la variance, exploitable par sélection. La part de la variance phénotypique due à l'action génétique additive est appelée “héritabilité”.
Variance génétique de dominance (VD) - Fraction de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est due à l'interaction des deux allèles dans tous les loci. Cette part de la variance génétique n'est pas héritable, car elle est annihilée pendant la méiose; en revanche, elle est recréée selon des combinaisons nouvelles et différentes pour chaque génération au moment de la fécondation. On en tire parti par croisement.
Variance génétique épistatique (VI) - Part de la variance phénotypique relative à un phénotype quantitatif qui est due aux interactions des allèles des différents loci. Cette part de la variance génétique est difficile à exploiter et en grande partie non héritable, puisqu'elle résulte de la division réductionnelle qui se produit lors de la méiose; elle est en conséquence le plus souvent ignorée.
Variance phénotypique (Vp) - Variance totale mesurée correspondant à un phénotype quantitatif précis dans une population donnée. C'est la somme de la variance génétique, de la variance d'environnement et de la variance d'interaction des facteurs génétiques et de l'environnement.
Zygote - Cellule résultant de la fécondation d'un ovule par un spermatozoïde. On parle aussi souvent d'oeuf fécondé.
