En 1964, lors de la répartition des travaux de la Commission entre ses trois Sous-Commissions, on avait reconnu que la plupart des activités de ces Sous-Commissions seraient réalisées par des groupes de travail se réunissant principalement entre les sessions, mais également pendant les sessions biennales. En 1966, le Président de la CECPI a souligné que les dépenses des experts invités à titre personnel par le Directeur général de la FAO aux réunions des groupes de travail devaient être prises en charge par la FAO dans la limite des crédits dont elle dispose. Jusqu'en 1968, des crédits avaient été prévus pour financer l'organisation de réunions d'experts, ainsi que les services d'un consultant. La Commission a vivement recommandé l'augmentation des crédits pour la période biennale allant jusqu'en 1970, afin de permettre aux Sous-Commissions d'organiser des réunions d'experts et de financer, pendant deux ans, les services d'un consultant chargé d'établir un rapport pour la Sous-Commission III.
Le budget de la FAO, ainsi que les crédits alloués au Département des pêches dépendent en grande partie des gouvernements des Etats Membres; en 1966, ces gouvernements avaient donné la preuve du grand intérêt qu'ils portaient aux pêches en créant un Comité permanent des pêches, et en transformant l'ancienne Division des pêches en Département. Le Directeur de la coordination du Programme et des opérations de ce Département a souligné que la FAO finançait le Secrétariat permanent de la CECPI ainsi que de nombreux autres services, comme par exemple l'organisation des réunions, l'interprétation, la traduction, la publication et la distribution des documents. Les gouvernements des Etats Membres ont été invités à fournir une aide plus directe aux travaux de la Commission.
Depuis 1966, la Commission a du mal à obtenir suffisamment de crédits pour financer ses activités en expansion. En 1968, le Président a fait remarquer que le financement courant deviendrait rapidement insuffisant. Les travaux de la Sous-Commission III exigeaient notamment les services des meilleurs experts mondiaux, mais les pays auxquels ceux-ci appartenaient acceptaient difficilement de leur permettre de consacrer la plupart de leur temps aux besoins de la CECPI. On a souvent rappelé aux représentants qu'ils pouvaient insister auprès de leurs gouvernements pour qu'ils fournissent un appui plus important à la Commission, mais sans résultats tangibles. Toutefois, pendant la période 1970–72, au moins quatre consultations ou groupes de travail étaient prévus entre les sessions et devaient être entièrement financés par les participants, ce qui constitute un moyen pour les gouvernements de fournir un appui financier direct aux activités qu'ils approuvent.
En 1972, le Président de la Commission a fait remarquer que le coût des réunions, des stages et des consultations était en grande partie à la charge des Etats Membres, qui assumaient les dépenses des participants, tandis que le Secrétariat éprouvait de plus en plus de difficultés à fournir les services administratifs nécessaires. Il a estimé que si le volume de travail accru du Secrétariat témoignait de la réussite de la Commission, il justifiait aussi l'augmentation de personnel et d'appui financier qui avait été demandé. En 1974, ces difficultés existaient toujours. On a proposé la création d'un fonds fiduciaire alimenté par les contributions volontaires des organismes gouvernementaux intéressés, afin de financer des projets spécifiques. On a demandé au Secrétariat d'étudier cette proposition, mais on s'est aperçu qu'elle ne bénéficiait pas d'un appui suffisant.
Une réforme plus radicale a été proposée en 1974 pour résoudre les problèmes financiers de la Commission: la CECPI deviendrait une Commission régie par une Convention et disposant de ressources propres, comme le prévoit l'article XIV de l'Acte constitutif de la FAO. Il est apparu, après un long débat, que la plupart des représentants étaient opposés à ce changement, mais cette question a de nouveau été soulevée lors de la neuvième session, en 1976. Au cours de cette session, un texte adopté en séance plénière confirmait que les pays membres avaient à plusieurs reprises souligné l'intérêt que revêtaient pour eux les travaux de la Commission et que ces travaux étaient importants non seulement pour la région européenne, mais également pour les pays en développement. La Commission a estimé qu'elle devrait poursuivre ses activités au moins au même niveau que les années précédentes, mais bien que cellesci prennent essentiellement la forme de groupes de travail et de publication de rapports, le Programme de travail de la FAO n'a plus prévu de crédits pour ces réunions et a même envisagé une réduction des publications.
La Commission a prié le Directeur général de prendre des mesures afin de maintenir les activités de la CECPI à leur niveau précédent ou de préparer, conformément à l'Article XIV 2a de l'Acte constitutif de la FAO, un projet d'accord visant à assurer la stabilité financière de la Commission et à la doter d'un budget approprié, pour lui permettre de financer ses activités sur une base annuelle. A la dixième session, en 1978, le Sous-Directeur général du Département des pêches de la FAO a résumé les débats qui avaient eu lieu à ce sujet au sein du Comité des pêches cette année-là. Le Comité des pêches avait confirmé les principes fondamentaux concernant la décentralisation, le financement et la coordination des organes régionaux s'occupant des pêches, mais il avait demandé que la décentralisation soit réalisée avec prudence. Bien qu'il soit peu probable que la FAO accorde des crédits supplémentaires à la CECPI la Commission a estimé que l'organisation devrait être tenue au courant des questions suivantes par les représentants nationaux siégeant au Comité des pêches: niveau prévu des activités de la CECPI, appui direct devant être fourni par les pays membres, et appui minimum demandé à la FAO.
La Commission a également reconnu que la CECPI devrait continuer à être régie par l'Article VI, bien que cette position puisse être reconsidérée si les circonstances venaient à changer. Les pays membres peuvent fournir un appui à des activités autres que celles qui sont financées par la FAO. Ainsi, en 1978, les travaux de la Commission ont été en grande partie financés par des ressources complémentaires fournies par les pays membres; ces pays ont en grande partie financé les sessions de la Commission, ou certaines activités revêtant une importance ou un intérêt particuliers pour eux, si bien que la part de la FAO dans le financement direct des dépenses totales du programme a été moins importante qu'au cours des années précédentes. Afin de renforcer la participation des gouvernements aux activités de la CECPI, la Commission a recommandé, à sa dixième session, la création de comités nationaux de la CECPI, dont la composition serait multidisciplinaire et interdépartementale afin de couvrir au niveau national tous les aspects des activités de la CECPI.
