ANNEXE 5: Table des matières du Manuel de biotélémétrie aquatique

INTRODUCTION			1
I.	UTILISATION DU TEMPS ET DE L’ESPACE CHEZ LES POISSONS		2
1.1	Migration et «migration»: définition et relation		3
1.2	Fitness génétique: approche compréhensive		4
1.3	Fitness: implications pour la migration		6
1.4	Méthodes d’étude de la migration		7
	Références		8
II.	MÉTHODES D’ÉTUDE DU COMPORTEMENT DES POISSONS		10
2.1	Méthodes d’étude indépendantes de la capture		10
2.1.1	Observation visuelle		10
2.1.2	Compteur à résistivité de signaux électriques		10
2.1.3	Hydroacoustique		11
2.2	Méthodes d’étude indépendantes de la capture		15
2.2.1	Variations de la densité et des captures par unité d’effort de pêche		15
2.3	Marquage et type de marques		17
2.3.1	Introduction		17
2.3.2	Types de marques		18
2.4	Marques biotiques extrinsèques		19
2.4.1	Variables morphométriques, méristiques et truss network		19
2.4.2	Patrons de ponctuations		20
2.4.3	Marques génétiques		20
2.4.3.1	Polymorphisme enzymatique		20
2.4.3.2	ADN mitochondrial et nucléique		21
2.4.3.3	Empreintes génétiques		21
2.4.3.4	Principales techniques utilisées en marquage génétique		22
2.4.3.5	Choix des marques génétiques		26
2.5	Marques biologiques extrinsèques		27
2.5.1	Parasites		27
2.5.2	Chémométrie		28
2.5.2.1	Acides gras		28
2.5.2.2	Autres éléments intrinsèques		29
2.6	Marques extrinsèques		30
2.6.1	Marquage par mutilation		31
2.6.2	Marques chimiques extrinsèques		34
2.6.3	Marquage par colorants		35
2.6.4	Marquages par brûlure au froid (cold branding)		36
2.7	Marques physiques («tags»)		37
2.7.1	Marques physiques externes		37
2.7.1.1	Marques à insertion intramusculaire		37
2.7.1.2	Marques transcorporelles et transstructurales		39
2.7.2	Marques physiques internes		40
2.7.2.1	EVI (Elastomer Visible Implant) Tag		40
2.7.2.2	V.I. tags		41
2.7.2.3	Micromarques magnétiques		42
2.7.2.4	Transpondeurs passifs intégrés ou PIT tags		46
2.8	Marques physiques actives		48
	Emetteurs de biotélémétrie, marque archives		48
2.9	Choix des méthodes d’étude		48
	Références bibliographiques		52
ANESTHÉSIE, MARQUAGE DES POISSONS, BIAIS LIÉS AU MARQUAGE
III.	ANESTHÉSIE		58
3.1	Types d'anesthésiques, aspects législatifs		58
3.1.1	Anesthésiques chimiques		58
3.1.2	Méthodes alternatives		60
3.2	Phases de l’anesthésie		62
3.3	Choix d’un anesthésique		62
3.4	Facteurs influençant l’anesthésie, le choix des concentrations et la durée d’application		64
3.5	Perturbations de la physiologie et du comportement des poissons par l’anesthésie		65
3.6	Suggestions pour l’amélioration des protocoles d’anesthésie et de récupération		68
3.7	Fiches d’utilisation des principaux anesthésiques		69
IV.	FIXATION DES MARQUES TÉLÉMÉTRIQUES		72
4.1	Introduction		72
4.2	Attachement externe		73
4.3	Insertion intrastomacale		74
4.4	Insertion intrapéritonéale		75
4.4.1	Incision		76
4.4.2	Positionnement de l’émetteur		77
4.4.3	Fermeture de l’incision: suture		78
	Réalisation d’un point de suture		78
	Type de point de suture		79
	Choix du matériel de suture		80
4.4.4	Méthodes alternatives de fermeture d’incision		81
4.4.5	Dynamique de cicatrisation		83
4.4.6	Prophylaxie, mesures post-opératoires		83
4.5	Poids, dimensions et formes des émetteurs: limitations fonctionnelles		85
V.	BIAIS LIÉS AU MARQUAGE		86
5.1	Survie		86
5.2	Infections et blessures		87
5.3	Effets sur la croissance et l’alimentation		88
5.4	Effets du marquage sur le comportement et la physiologie		90
5.4.1	Flottabilité et équilibre		90
5.4.2	Performances natatoire et dépenses énergétiques		90
5.4.3	Effet sur les interactions sociales		91
5.4.4	Activité et sélection de l’habitat		91
5.4.5	Autres perturbations du comportement		92
5.5	Rejet et perte des émetteurs		92
5.5.1	Perte des marques externes		92
5.5.2	Régurgitation des marques intrastomacales		93
5.5.3	Expulsion de marques implantées dans la cavité intrapéritonéale		93
	Mécanisme d’expulsion		93
	Facteurs influençant l’expulsion (Figure 5.4)		95
	CONCLUSIONS		96
	Références		97
	Tracking et biotélémétrie
	Propriétés des signaux, stratégies d’étude, utilisation des résultats
VI.	PRINCIPES DE BASE, PROPAGATION DES SIGNAUX		102
6.1	Spécificités et points communs de la biotélémétrie radio et acoustique		103
6.2	Propagation des signaux acoustiques (d’après Voegeli &Pincock, 1996)		104
6.2.1	Vitesse de propagation réflexion, réfraction		104
6.2.2	Pertes liées à la propagation		105
6.2.3	Bruit et diminution du rapport signal/bruit		106
6.2.4	Calcul de la distance maximale de détection d’un signal		107
6.3	Propagation de signaux radio		108
6.3.1	Atténuation des signaux radio dans l’eau		108
6.3.2	Atténuation dans l’air et à l’interface air-eau		109
6.3.3	Pertes liées à la station réceptrice		110
6.3.4	Pertes et gains liés aux antennes réceptrices et émettrices		110
6.3.5	Puissance des émetteurs, sensibilité des récepteurs		111
6.3.6	Calcul de la distance de détection d’un émetteur radio		112
6.4	Choix du type de radio et de fréquence d’émission en fonction de l’environnement		113
VII.	POSITIONNEMENT DE LA SOURCE D’ÉMISSION		115
7.1	Homing in		115
7.2	Positionnement à distance par triangulation		115
7.2.1	Principe de base		115
7.2.2	Calcul des coordonnées cartésiennes		116
7.2.3	Triangulation par stations réceptrices directionnelles		117
7.2.4	Précision du positionnement par triangulation		117
7.2.5	Diagrammes de réception et optimisation de l’utilisation des antennes directionnelles		118
		Utilisation d’une antenne boucle	119
		Utilisation d’une antenne Yagi	119
7.3	Positionnement d’émetteurs mixtes par un seul opérateur		120
7.4	Positionnement à distance par navigation hyperbolique		121
7.5	Logiciel de prétraitement des données de radiopistage «X-Y PGM track»
7.5.1	Principe de fonctionnement		121
		Remarques générales	122
7.5.2	Explication complémentaires		122
		Partie A.	122
		Partie B.	122
		Partie C.	123
		Partie D.	124
		Partie E.	124
7.5.3	Listing du programme		125
VIII.	STRATÉGIE D’ÉTUDE		129
8.1	Fréquence de récolte des données		129
8.1.1	Récolte continue		129
8.1.2	Récolte périodique (échelle journalière ou supra journalière)		129
8.1.3	Récolte périodique (échelle infra journalière)		131
		Suivi manuel	131
		Détection automatique	131
8.2	Limitation technique du nombre de poissons détectables		132
8.3	Amélioration des performances de détection		134
8.3.1	Stations multi-antennes		134
8.3.2	Émetteurs codés		136
8.4	Recherche d’émetteurs, vitesse de progression		136
IX.	CALCUL DU DOMAINE VITAL ET DE L’AIRE D’ACTIVITÉS		138
9.1	Méthode du polygone convexe		138
9.1.1	Principe		138
9.1.2	Limitations		138
9.2	Modèles statistiques normaux bivariés et normaux circulaires		138
9.2.1	Principe		138
9.2.2	Limitations		139
9.3	Méthode des grilles et probabilité d’utilisation de l’espèce		140
9.3.1	Principe		140
9.3.2	Limitations		140
9.4	Comparaison des différentes méthodes		142
9.5	Calcul de la surface d’un polygone convexe		142
X.	BIOTÉLÉMÉTRIE, MARQUES PROGRAMMABLES ET APPLICATIONS PARTICULIÈRES		144
10.1	Introduction		144
10.2	Mesures de signaux de biotélémétrie		144
10.3	Inconvénients spécifiques aux émetteurs de biotélémétrie		147
10.4	Émetteurs programmables		148
10.5	Exemples		150
10.5.1	Application de la télémétrie en aquaculture		150
10.5.2	Fidélité au site de reproduction chez Barbus barbus		152
10.5.3	Activité et choix de l’habitat chez l’anguille Anguilla anguilla		153
10.5.4	Utilisation du rythme cardiaque comme indicateur du métabolisme		155
XI.	SYNTHÈSE, CONCLUSION, ASPECTS PRATIQUES		157
11.1	Structurer une étude ou un projet		157
		Objectif de l’étude	157
		Poissons	157
		Environnement	157
		Calcul du coût total de l’étude, détermination de la faisabilité budgétaire	157
11.2	Information, récompense		158
11.3	Risques inhérents aux méthodes de biotélémétrie		158
	Références		159