惠益分享基金由《国际条约》管理机构直接控制，管理机构定期审查其决策进程、运作方式、报告、监测和学习。

自2009年以来，惠益分享基金资源分配一直通过竞争机制运作，提案由独立专家处理。迄今为止，已发出四次提案征集，共选出81个供资项目。更多内容

2019年通过了《惠益分享基金操作指南》（惠益分享基金指南），增加了资源使用方案，并授权供资战略和资源筹措常设委员会（供资委员会）管理惠益分享基金业务，后者可决定：

1. 确立并启动新一轮项目周期；
2. 向先前获得专家小组颁发的“优秀证书”的项目提供资金，还是向先前由惠益分享基金资助的二期项目提供资金；
3. 是否捐助较大的发展计划，以支持实施符合惠益分享基金计划方法的干预措施；
4. 是否为有助于基金计划方法的较大项目提案的拟定提供项目筹备资金。

14名专家组成的独立小组 （粮农组织各区域各两名专家）负责监督项目提案的筛选和评估。根据小组建议，供资委员会批准拟资助的项目组合。