Les ressources alimentaires naturelles des divers plans d'eau se présentent dans trois biotopes principaux. Par ordre décroissant d'importance, ce sont les eaux pélagiques, le fond, et la zone littorale. Chacun de ces biotopes est colonisé par des organismes spécialisés, parfaitement adaptés à se développer dans les conditions existantes.
Il n'existe pas d'espèce piscicole idéale pouvant utiliser avec efficience ces différentes ressources alimentaires présentes. Il est donc nécessaire, afin d'augmenter les rendements piscicoles, de combiner diverses espèces ayant des habitudes alimentaires complémentaires. C'est la base même de la polyculture qui consiste à utiliser toutes les ressources naturelles présentes par un ensemble d'espèces piscicoles de bonne croissance et de bonne valeur commerciale.
A Madagascar, la faune piscicole d'eau douce (regroupant des espèces autochtones et des espèces exotiques) est relativement pauvre en espèces convenant à l'élevage. En outre, ces espèces ne sont pas capables d'utiliser toutes les ressources disponibles. Les tilapia, se reproduisant rapidement, ont tendance à devenir envahissants. La carpe commune stookée à relativement haute densités (1000–2000/ha) doit recevoir régulièrement une alimentation supplémentaire pour produire des rendements suffisants. L'association à ces espèces de poissons exotiques comme les carpes chinoises et la carpe indienne rohu pourrait considérablement améliorer les rendements piscicoles des plans d'eau en y exploitant la majorité des organismes présents.
5.1 EXPLOITATION DES ALGUES ET DE LA VEGETATION AQUATIQUE SUPERIEURE
Ctenopharyngodon idella (carpe chinoise herbivore) se nourrit d'algues et de plantes aquatiques diverses, croissant dans les parties peu profondes et sur les berges des plans d'eau. La mise en charge calculée d'après la surface enherbée seulement est de 300–500 poissons par hectare. Avant son introduction à Madagascar, l'on doit cependant se demander si cette espèce pose une menace pour les rizières irriguées? Ceci reste à démontrer et des essais dans ce but devraient être réalisés en stations bien isolées. Cependant, a priori il ne semble pas que la carpe herbivore risque de poser des problèmes en rizières peu profondes: (i) jusqu'au poids de 100–150 g, ces poissons se nourrissent principalement d'algues filamenteuses; (ii) à une taille plus grande, ils n'ont pas tendance à rechercher les eaux peu profondes des rizières irriguées; (iii) ils ne cherchent pas à s'évader immédiatement de leur milieu en cas d'inondation.
Cependant, une attention particulière devrait être apportée à l'effet nuisible possible de la carpe herbivore sur le riz flottant, en milieu relativement profond. Le Projet devrait expérimenter à ce sujet en milieu bien contrôlé.
5.2 EXPLOITATION DES RESSOURCES PELAGIQUES.
Actuellement, les populations planctoniques pélagiques (phytoplancton et zooplancton) ne sont bien exploitées par aucune espèce piscicole de valeur. Deux espèces chinoises de poissons filtreurs sont particulièrement indiquées à cet effet et pourraient être mises en observation contrôlée: Hypophthalmichthys molitrix (carpe argentée), consommatrice des algues minuscules dy phytoplancton et Aristichthys nobilis (carpe marbrée), consommatrice de zooplancton et d'algues bleu vert.
5.3 EXPLOITATION DES FONDS
Couverts de détritus végétaux et organiques divers, les fonds des plans d'eau pourraient être exploités par la carpe indienne rohu (Labeo rohita), spécialisée dans l'utilisation des ressources de ce biotope.
5.4 LA POLYCULTURE
La polyculture de ces quatre espèces exotiques associées à la carpe commune et à un prédateur (par ex. black-bass) pour contrôler la reproduction des tilapia omniprésents, pourrait produire annuellement une moyenne de 2–3 tonnes/Ha de poisson de consommation, en exploitation extensive. Des essais à ce sujet pourraient être réalisés après avoir observé chacune des espèces séparément et avoir démontré l'absence d'effets négatifs d'importance, dans le contexte Malgache. D'une manière générale, les essais nêcessaires avant toute introduction massive de ces espèces piscicoles exotiques seront facilités par la biologie de leur reproduction. Celle-ci se réalise en rivières suffisamment longues que pour permettre aux oeufs et aux jeunes larves d'y flotter, emportés par le courant, pendant au moins quatre jours, avant d'atteindre la mer. Les courtes rivières malgaches ne semblent donc pas a priori permettre à ces espèces piscicoles de se reproduire naturellement. Seule la reproduction artificielle induite pourrait alors en perpétrer la survie.
