En una forma general existen dos maneras de extraer los otolitos: mediante un corte oblicuo de la zona dorsal del neurocráneo, o bien mediante un corte longitudinal de la zona ventral de las cápsulas óticas.
Para efectuar este corte se debe sujetar la cabeza del ejemplar introduciendo los dedos índice y pulgar (mano izquierda o derecha) en las cavidades oculares.
Se corta el neurocráneo delante de los ojos con una inclinación de aproximadamente 45o. Luego, se toma el hocico y se presiona hacia abajo de modo de producir el quiebre de la zona seccionada y exponer los otolitos. Los otolitos se extraen utilizando una pinza de punta (Figuras 5A y 5B).
Una vez extraídos, los otolitos se limpian de restos de tejidos y humores y se secan con un papel absorbente para su posterior preservación.
Se coloca el ejemplar con el abdomen hacia arriba y se efectúa un corte transversal de la región yugular inmediatamente delante del cleithrum.
Se introduce la mano en la cámara branquial a través de la zona seccionada, se sujetan las branquias y se tira de ellas hacia arriba y adelante de modo de extraerlas y exponer las cápsulas óticas. Estas se hallan en la base del neurocráneo y constituyen gran parte del techo de la cámara branquial. Se reconocen fácilmente debido a su característica forma bulbosa.
Se efectúa un corte longitudinal que se inicia en el borde posterior de la cápsula ótica y se dirige hacia adelante en dirección al parasfenoide.
Para exponer los otolitos, se hace palanca hacia afuera con el instrumento de corte de modo de quebrar la pared de la cápsula ótica. Se exponen los otolitos, se extraen y se limpian tal como se indicó anteriormente. (Figuras 6A, 6B, 6C y 6D).
Figura 5. Corte dorsal del neurocráneo
 | Figura 5A. Se observa el corte del neurocráneo con una inclinación de 45o aproximadamente. |
 | Figura 5B. La superficie de corte se ha quebrado y se extraen los otolitos mediante una pinza. |
Figura 6. Corte ventral de las cápsulas óticas
 | Figura 6A. Extracción de las branquias. |
 | Figura 6B. Exposición de las cápsulas óticas. |
 | Figura 6C. Corte de la cápsula ótica. |
 | Figura 6D. Extracción de los otolitos. |
La metodología utilizada para la extracción de los otolitos varía de acuerdo a las especies consideradas así como también de acuerdo al tamaño de los ejemplares.
En peces pelágicos pequeños, tales como anchoíta Engraulis anchoita y surel Trachurus picturatus australis, los otolitos se extraen desde las cápsulas óticas efectuando el quiebre de las mismas mediante presión de la cabeza hacia abajo. Este método de fácil y rápida realización permite el muestreo de un significativo número de ejemplares en un lapso de tiempo relativamente corto.
En las especies pelágicas de mediano y gran tamaño, como caballa Scomber japonicus marplatensis y pez limón Seriola lalandei, se pueden aplicar indistintamente los métodos arriba descritos.
En las especies demersales, como bacalo Gadus morhua, merluza Merluccius merluccius hubbsi, rouget Helicolenus dactylopterus lahillei, etc., se aplica comúnmente el corte oblicuo del neurocráneo, aunque es posible también utilizar el corte de las cápsulas óticas.
En los peces planos (lenguados, hipog losos) los otolitos se extraen mediante el corte dorsal del neurocráneo, con la leve diferencia que éste se efectúa en forma recta por encima de los ojos.
