L'hydrographie de la zone est caractérisée par deux phénomènes généraux: les alizés du Nord-Est et le courant marin des Canaries nord-est/sud-ouest. Les alizés provoquent en différents endroits, le long de la côte, des remontées d'eaux profondes et froides. L'anticyclone des Açores est particulièrement net pendant l'été boréal, tandis que les zones de haute pression s'étendent en latitude pendant l'hiver (Le Floch, 1974). Il en résulte une variation saisonnière des alizés, qui prennent naissance près du détroit de Gibraltar l'été et plus au sud l'hiver. Le long de la côte saharienne, de Sid Ifni au cap Blanc en Mauritanie, les alizés soufflent presque en permanence, quoique plus faiblement d'octobre à janvier. Ces fluctuations affectent les zones d'upwelling que l'on trouve plus au sud l'hiver et plus au nord l'été: d'où une grande variation dans la répartition spatio-temporelle des températures et des salinités.
Au nord de cap Juby, le phénomène d'upwelling a un caractère saisonnier marqué et une extension assez limitée, tandis qu'au sud on l'observe toute l'année avec des différences d'intensité saisonnières et un maximum d'avril à septembre. La zone intéressée peut s'étendre sur 120 milles nautiques le long de la côte, mais reste limitée aux eaux proches du rivage (A. Cruzado, 1974; Le Floch, 1974).
Ces upwellings côtiers provoquent l'enrichissement des eaux superficielles en sels nutritifs, source d'un développement intense de phytoplancton puis du zooplancton. Dans chaque zone, la production est fonction des variations saisonnières de l'upwelling: la production primaire et secondaire est beaucoup plus importante au sud qu'au nord de cap Juby (Grall et al., 1974; Leon Braun et Escanez, 1974; Estrada, 1974).
Le caractère saisonnier de l'upwelling au nord du cap Juby influe sur les migrations et la disponibilité de la sardine dans la Zone A.
