La systématique des Prosopis a subi, depuis plus d'un siècle, une révision quasi continuelle, de la part d'un nombre relativement faible de taxinomistes. Ce manque apparent d'intérêt et cette confusion sont compréhensibles, étant donné que ce n'est que depuis une date récente que l'attention mondiale a été attirée sur l'importance du rôle écologique et économique de ces végétaux. La taxinomie des Prosopis est en outre rendue difficile par l'extrême variabilité entre individus, même à l'intérieur d'une espèce bien délimitée. Les Prosopis sont des végétaux très plastiques; la morphologie de la plupart des espèces varie en fonction de la station, et sans doute également de facteurs génétiques inhérents. Par ailleurs la plupart des espèces s'hybrident facilement entre elles; cette tendance, alliée à la plus grande mobilité des ressources génétiques du fait de l'homme moderne, ne facilitera certainement pas la classification dans l'avenir.
La classification des Prosopis a récemment été grandement clarifiée par les travaux d'Arturo Burkart (1976a, 1976b), qui présente l'étude taxinomique la plus complète de l'ensemble du genre. La classification de Burkart, établie en 1976, a été encore précisée en 1977 par Burkart et Simpson; c'est cette dernière classification qui est utilisée dans ce manuel.
Burkart reconnaît cinq groupes distincts de Prosopis, dont deux se rencontrent au Mexique, au Chili et au Pérou. Ce sont:
Algarobia de Candolle. Les espèces de ce groupe ont des épines axillaires par paires ou isolées. Les gousses sont variables, mais sont toujours aplaties, et les graines sont disposées bout à bout dans la gousse. La face interne des pétales et l'ovaire sont toujours velus.
Strombocarpa Bentham. Les espèces de ce groupe ont des épines disposées par paires, formées par des stipules modifiées. Les gousses sont soit spiralées avec les graines disposées bout à bout, soit courtes et arrondies avec des graines empilées.
