En términos generales, todo estudiante que ingresa a la ESNACIFOR realiza sus estudios mediante diferentes tipos de financiamiento: recursos de los gobiernos representados, empresa privada, organismos de cooperación internacional, y recursos personales (generalmente préstamos con instituciones de crédito educativo).
Hasta 1993, el funcionamiento de ESNACIFOR presupuestariamente dependía totalmente de la Corporación Hondureña de Desarrollo Forestal (AFE-COHDEFOR). Todo ingreso proveniente por concepto de becas, producción de diversos productos forestales para consumo nacional y exportación, asesorías, y otros, era administrado y formaba parte del presupuesto general de esa institución. En esa época, el financiamiento externo provenía por medio de becas otorgadas principalmente por los Gobiernos de Alemania a través de la DSE, de los Estados Unidos de Norteamérica a través del AID, del IECE. En sus inicios también participó el CATIE.
A escala nacional, el financiamiento de becas casi en su totalidad proviene del Gobierno de Honduras y en la década de los 70's se tuvo también el aporte de la empresa forestal privada. La totalidad de los recursos nacionales de este tipo es destinada a becarios hondureños. A partir de 1994, como producto de la descentralización de las instituciones estatales, se duplicó el presupuesto de la institución, del cual, el 37 por ciento correspondía al aporte de Gobierno.
En la actualidad, el presupuesto de la institución se ha incrementado en aproximadamente 12 veces al presupuesto de 1993, reduciéndose el aporte de Gobierno a un 10 por ciento del presupuesto total actual. Esta evolución ha significado que la ESNACIFOR continuamente esté a la búsqueda de mecanismos que aseguren su estabilidad financiera a los diferentes niveles a los cuales ha proyectado su desarrollo.
Como producto de este proceso, durante 1997 y 1998 ESNACIFOR elaboró su Plan Estratégico de Desarrollo para 10 años (1998 al 2007).
El financiamiento para becarios extranjeros y algunos hondureños se ha mantenido con un significativo aporte del Gobierno Alemán, el cual se ha mantenido por varias décadas, con un incremento progresivo. A raíz de este aporte, en la actualidad casi la totalidad de los becarios procedentes de los diferentes países de la región, gozan de una beca de la DSE del Gobierno Alemán para sus estudios de Dasonomía. A inicios de esta década se contó con el financiamiento de becas por parte del Gobierno del Reino Unido para estudiantes nacionales y extranjeros, siempre para estudios de Dasonomía. Las becas para estudiantes nacionales proceden de cuatro fuentes: del Gobierno de Honduras, AID del Gobierno de los Estados Unidos, recursos propios de la institución y la DSE del Gobierno de Alemania.
Para que el estudiante curse y desarrolle sus estudios de Ingeniería en Ciencias Forestales, actualmente se cuenta con el apoyo financiero del Programa Regional de Capacitación Forestal (PROCAFOR), el cual funciona con recursos financieros del Gobierno de Finlandia. En muchos casos, algunos estudiantes cuentan con sus propios recursos financieros, obtenidos principalmente a través de un Crédito Educativo que funciona en Honduras (EDUCREDITO), y/o mecanismos similares en los demás países representados en ESNACIFOR. Dasónomos egresados de ESNACIFOR con un promedio ponderado superior al 80 por ciento tienen opción a optar a una beca académica de esta institución.
Como parte del Plan Estratégico de Desarrollo, la institución ha elaborado los "planes tácticos" para cinco años, considerando que la actual generación de ingresos financieros como parte de actividades del manejo de bosques, venta de semillas a diferentes mercados nacionales y externos, productos elaborados, asesorías técnicas, servicios de capacitación, y otros, significa alrededor del 40 por ciento del total presupuestado. ESNACIFOR busca la sostenibilidad de estos ingresos y consolidar y mantener una revisión periódica de la cooperación internacional a través de los diferentes programas de desarrollo que en la región se ejecutan. Sus esfuerzos se enfocan en la creación de un patrimonio estable y consistente con la dinámica del sector, y de un fondo dotal que le garantice la continuación de su funcionamiento con la calidad, innovación y actualización que el sector forestal requiere.
