L'intérêt que l'Europe porte aux poissons d'eau douce et à la biologie des eaux douces remonte à plusieurs siècles; il existait dès le 12ème siècle des lois et des règlements régissant la capture du poisson dans les fleuves et dans les lacs. La biologie de l'eau douce en tant que discipline scientifique remonte au 19ème siècle et le premier Congrès international de limnologie - science des eaux douces - s'est tenu en Europe en 1922.
Au début des années 1950, quelques experts des pêches ont envisagé la possibilité de créer une organisation internationale qui serait chargée d'encourager la collaboration des pays afin de résoudre les problèmes des pêches intérieures en Europe, problèmes en grande partie différents de ceux posés par les pêches maritimes. Celles-ci relevaient déjà d'un organisme scientifique international, le Conseil international pour l'exploration de la mer (CIEM).
On s'est demandé si cette nouvelle organisation devait être indépendante ou rattachée à un organisme existant; cette question a suscité des avis divergents, mais on a fait observer que la FAO était déjà chargée d'évaluer la situation des pêches en tant que source de nourriture pour la population mondiale et qu'elle pourrait fort bien parrainer cette nouvelle organisation.
Après plusieurs années de controverse, la FAO a réuni à Rome, en 1955, un petit groupe d'experts des pêches intérieures chargé d'examiner cette question et composé comme suit: Professeur F. Ruttner (Autriche), Professeur H. Jarnefelt (Finlande), Professeur U. d'Ancona (Italie), M. B. Havinga (Pays-Bas) et M. G. Alm (Suède). Le groupe est arrivé à la conclusion qu'il était nécessaire d'améliorer et de développer la collaboration internationale dans le domaine des pêches intérieures et a constaté qu'aucune organisation existante n'offrait un éventail assez vaste à cet égard. Le groupe a en outre proposé à la FAO de convoquer, suite à l'invitation du Gouvernement finlandais, une réunion internationale sur les pêches intérieures qui se tiendrait à Helsinki, du 24 au 26 juillet 1956, immédiatement avant le treizième Congrès limnologique.
Les gouvernements membres de la FAO ont alors été invités à envoyer des représentants à cette réunion pour examiner les questions suivantes: i) importance des pêches intérieures dans l'économie alimentaire mondiale, ii) application des sciences halieutiques aux pêches intérieures, iii) types de mesures internationales qui devraient être encouragées et iv) moyens permettant de mettre en oeuvre ces mesures internationales.
Dix-sept délégués représentant 13 pays, ainsi que des observateurs de plusieurs organisations internationales, ont participé à cette réunion. Ils ont examiné en détail les problèmes des pêches intérieures européennes et ont discuté de la nécessité d'une collaboration internationale dans ce domaine, en faisant éventuellement appel à des organisations existantes telles que le CIEM, l'Association internationale de limnologie théorique et appliquée (ALL) ou le Conseil général des pêches pour la Méditerranée (CGPM). Tout en reconnaissant la nécessité d'une collaboration internationale dans ce domaine, la réunion a estimé que cette tâche dépassait le mandat, le domaine d'action ou les ressources des organismes existants. Elle a donc décidé de demander au Directeur général de la FAO de créer un organisme consultatif pour l'Europe.
Une résolution a été adoptée à la réunion de Helsinki (1956) par les représentants des pays ci-après: Autriche, Belgique, Danemark, Espagne, Finlande, France, Islande, Norvège, Pays-Bas, République fédérale d'Allemagne, Royaume-Uni, Suède et Suisse. Aux termes de cette résolution, le Directeur général de la FAO était prié:
d'instaurer un Comité consultatif permanent sur les pêches intérieures regroupant les pays européens intéressés et membres de la FAO, qui sera chargé de le conseiller lui-même ainsi que les gouvernements des pays membres au sujet des mesures qui doivent être prises dans les domaines suivants:
rassemblement et diffusion de renseignements pertinents;
organisation de réunions appropriées;
instauration de contacts appropriés avec les organismes gouvernementaux et non gouvernementaux;
élaboration et application de mesures concertées entre les gouvernements intéressés de la région tendant à mettre en valeur les pêches intérieures dans la mesure jugée souhaitable et possible;
tous autres aspects liés à une mise en valeur et une utilisation améliorées des pêches intérieures, dans les limites de la compétence de l'Organisation.
Cette proposition a été acceptée par le Conseil de la FAO à sa vingt-sixième session, qui s'est tenue à Madrid en juin 1957; le Directeur général a proposé l'instauration d'une Commission régionale chargée de le conseiller lui-même ainsi que les gouvernements des pays membres intéressés au sujet des problèmes concernant les pêches intérieures en Europe. Le Conseil a noté qu'un “meilleur aménagement des pêches intérieures permet d'escompter un accroissement considérable des disponibilités de protéines animales et que le développement de la recherche et l'amélioration des services gouvernementaux nécessaires à ce secteur exigent un échange constant d'informations et d'idées sur le plan international”.
Le Conseil a reconnu qu'il existait en Europe des organismes assurant ces services pour les pêches maritimes, mais non pour les pêches intérieures. En conséquence, le Conseil a adopté la Résolution No 2/26 instaurant la Commission européenne consultative pour les pêches dans les eaux intérieures.
L'Organisation était chargée de fournir les fonds nécessaires et de mettre en place un Secrétariat afin d'assurer les services de soutien de la Commission. Les pays européens membres de la FAO ont été invités à adhérer à ce nouvel organisme et, en 1960, la majorité des pays intéressés avait fait connaître leur acceptation. L'Irlande a proposé d'organiser la première réunion de la Commission à Dublin, et cette réunion a eu lieu en avril 1960.
