La quantification de tous les effets écologiques des repeuplements est impossible sur base des connaissances actuelles. Pour cette raison, les risques éventuels devraient être examinés attentivement et évalués séparément pour chaque cas. Les autorités qui ont la pêche dans leur attributions devraient contrôler tous les programmes importants de repeuplement et rejeter ceux pour lesquels les risques encourus sont trop importants ou ceux pour lesquels les objectifs d'aménagement des pêches ne seraient probablement pas atteints.
La condition de départ indispensable à la mise en oeuvre de tout repeuplement est le respect des exigences de l'espèce concernée quant à la qualité de l'eau.
Il est souhaitable de ne pas réaliser de repeuplement dans les conditions énumérées dans le tableau 2.
On admet généralement que les repeuplements sont économiquement profitables lorsque le ratio coût/bénéfice est supérieur à 1. De nouveaux projets de repeuplement sont susceptibles d'avoir un niveau plus important d'incertitude et, pour cette raison, il est prudent de les prévoir initialement avec un ratio plus élevé. D'autre part, la plupart des programmes de repeuplement génèrent des bénéfices sociaux et ceux-ci peuvent mitiger les erreurs possibles lors de l'évaluation économique. Dans certains cas, les repeuplements ont été justifiés d'un point de vue purement social mail il n'est pas recommandé que des programmes de repeuplement à long terme soient entrepris sans une évaluation plus complète des facteurs entrant en jeu.
Tableau 2. Résumé des situations dans lesquelles, sur base de considérations écologiques, les repeuplements ne sont pas recommandables. Ces recommandations sont valables pour les différents stades de développement.
| Espèces | Repeuplements non recommandés |
| Lacs oligotrophes Petite marêne | Pas de repeuplement dans les lacs avec des stocks de petites marênes pêchables (l'objectif ne peut être la stabilisation des captures) Pas de repeuplement dans les lacs abritant du lavaret (pas de petite marêne indigène) si le lavaret est l'espèce de prédilection pour la pêche. |
| Peled | Pas d'introduction ou de repeuplement dans des lacs ou réservoirs qui abritent des lavarets indigènes. |
| Lavaret | Pas de repeuplement dans des lacs où des populations indigènes autonomes de lavarets existent. Pas d'introduction dans des lacs abritant l'omble chevalier si l'omble est l'espèce favorite pour la pêche. Pas de repeuplement dans les lacs où les lavarets de trop petite taille abondent et où l'effort de pêche est faible. Pas de repeuplement dans de petits lacs abritant de l'omble chevalier (dans de grands lacs, des repeuplements de faible densité sont possibles) Pas de repeuplement (ou à des densités de repeuplement très faibles) dans les lacs importants pour la pêche de la petite marêne. |
| Autres lacs: Petite marêne et lavaret | Dans les lacs et réservoirs abritant des petites marênes pêchables ou des stocks de lavarets, il ne faudrait pas déverser des poissons provenant d'autres pièces d'eau. |
| Peled | Comme pour les lacs oligotrophes. |
