Durante el transporte los alimentos pueden contaminarse, sufrir daños o estar expuestos a condiciones que pueden poner en peligro su inocuidad. En el caso de los alimentos que requieren control de temperatura, las variaciones de la temperatura durante el transporte pueden causar la proliferación de microorganismos hasta niveles que los hagan no aptos para el consumo (o que causen la aparición de toxinas). Unas condiciones de transporte deficientes pueden eliminar la garantía de inocuidad conseguida mediante las buenas prácticas de higiene aplicadas en las fases previas de la cadena alimentaria.